| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,470,111 | G→A | 54.9% | S575L (TCA→TTA) | semB ← | MFS family major facilitator transporter, multidrug:cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,470,111 | 0 | G | A | 54.9% | 3.4 / 64.1 | 49 | S575L (TCA→TTA) | semB | MFS family major facilitator transporter, multidrug:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/9); new base A (9/18); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.95e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
AATAAACATAAAATTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAATTG > CP000730/2469976‑2470247 | aaTAAACATAAAATTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACCCTTTCATTTCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCt > 2:272344/1‑141 (MQ=255) agaagaTTAAGGCGATGATGCTAAATAGCGTTGCAACTATAAGTGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCAt < 2:339771/136‑1 (MQ=255) tAAAATTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATg < 1:551591/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGc < 2:513859/141‑1 (MQ=255) tAAGTCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATg < 1:29723/141‑1 (MQ=255) aaGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCGTTGCGCCGTCTTGTCCGACATCTTGTGCTGCTCATTCACGCATCTgc > 2:195574/1‑140 (MQ=255) ggCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATc > 1:66759/1‑141 (MQ=255) gatgCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGtca > 2:198864/1‑139 (MQ=255) gatgCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAAACGTTGCCCGTATATTTCCAAATTGTAGTCATACTTTCCTGGCGCCTTCTTGTCCGCCGGATAGTAATGCTAAGTCATTCATATGATCTTGtcc > 2:331575/1‑139 (MQ=255) tAAATATCGTTGTAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAATTTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATAGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAg < 1:394979/141‑1 (MQ=255) aaaTATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAgg < 1:237198/141‑1 (MQ=255) cGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGt < 2:382399/141‑1 (MQ=255) cAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTAt < 2:387198/141‑1 (MQ=255) taAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAAct > 2:358967/1‑141 (MQ=255) tcatcatTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTcc < 1:516105/140‑1 (MQ=255) gCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGACTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGTATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTcc < 1:384675/141‑1 (MQ=255) tAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAg > 1:480306/1‑141 (MQ=255) aTACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCt > 2:368036/1‑141 (MQ=255) aTACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCt < 1:506429/141‑1 (MQ=255) tACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAATACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTg < 1:26866/141‑1 (MQ=255) ttGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTtgtg > 1:207828/1‑141 (MQ=255) tAGTTTATTTACAAATTGTATTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGt < 2:142676/141‑1 (MQ=255) tttatttaCAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAATAGCTGATAAGTGTTGTGTTGTTtg > 1:353249/1‑141 (MQ=255) tttatttaCAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTtg > 2:356245/1‑141 (MQ=255) tatttaCAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTtgtg < 1:53272/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCAt > 1:496209/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCAt > 2:181670/1‑141 (MQ=255) aTTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTa < 2:325252/141‑1 (MQ=255) taACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTTTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTTTCTAGTTTGTGTTGTCATTTCAATAAc > 2:112295/1‑141 (MQ=255) taACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCCTTACAGTagc > 1:220603/1‑139 (MQ=255) aaCACTTTCATTGGCCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACt < 2:217970/141‑1 (MQ=255) ccTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTTTAATGCTTATTTATGCATAAGTACTTGTACAACAGGATTCGTATTATTTAACTCTTCCTCAAAAGCTGATTAGTGTTTTTTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTATCTAAg < 2:253118/140‑1 (MQ=255) cTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGa < 1:160335/141‑1 (MQ=255) cTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGa > 1:175593/1‑141 (MQ=255) cTTTCATTGCGCCTTCTTGGCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGa < 1:192173/141‑1 (MQ=255) tttCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAACGCGGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGAt < 1:323265/141‑1 (MQ=255) aTTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGGTAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCt > 1:482136/1‑141 (MQ=255) tGCCCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTGCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGt < 1:426764/141‑1 (MQ=255) gcgcCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTa > 1:567504/1‑141 (MQ=255) gcCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTAcc > 2:523831/1‑141 (MQ=255) gcCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGATTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCAGATCAGTGTTGTGTGGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTAcc > 2:197433/1‑141 (MQ=255) gcCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTAcc < 1:368036/141‑1 (MQ=255) ttcttGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCtat < 1:67343/141‑1 (MQ=255) tGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTGGTAAAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTACCCAAAAGCTGATAAGTGTTCTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGAGTGCTGTAACTATagag > 2:243833/1‑141 (MQ=255) ccGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCt < 2:362767/141‑1 (MQ=255) atatTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTaa < 2:4604/141‑1 (MQ=255) tatTGTAATGCTAATTGCTGCATTTGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAAt < 1:413669/141‑1 (MQ=255) tatTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTTTTCTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAAt < 1:413827/141‑1 (MQ=255) ttGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTACTGTACCTATAGAGCCTACTGATTg > 2:117580/1‑141 (MQ=255) | AATAAACATAAAATTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAATTG > CP000730/2469976‑2470247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |