| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 629,681 | C→A | 100% | L84I (CTA→ATA) | hxlA → | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 99.0% | 180.1 / ‑6.4 | 62 | L84I (CTA→ATA) | hxlA | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (32/27); minor base G (1/1); total (33/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > CP000730/629547‑629816 | aaGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACAGGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAGTAATAGgt > 2:57290/1‑140 (MQ=255) gTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACTTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTCATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGtt < 2:425016/140‑1 (MQ=255) tttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAAATTGACGCGGATGTAATTACAATAAAAGGTATTg > 2:448786/1‑140 (MQ=255) aCCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 2:737085/140‑1 (MQ=255) cagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTTCAGAAGAt > 2:51116/1‑140 (MQ=255) gtgaaaCAGATGGCAGACAACATTAGGAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 2:64600/137‑1 (MQ=255) gtcaaaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 2:262051/137‑1 (MQ=255) gTTAAACATATTGCAGACAATATTAATAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 2:240044/140‑1 (MQ=255) ttAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCa > 2:722857/1‑140 (MQ=255) aatatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:726581/139‑1 (MQ=255) tatGGCAGACAACAGTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTATAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTa < 2:320402/140‑1 (MQ=255) tGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTCTTAGCAGTCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTaaa < 2:414463/140‑1 (MQ=255) cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTAGGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGAATCAATTAAagca > 2:609257/1‑140 (MQ=255) cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACAGGAAAATTATAGATGCAGCTGATTAGGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGAGCGAATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAaaca > 2:110560/1‑140 (MQ=255) cAGACAAAATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagca > 1:478730/1‑140 (MQ=255) tattttattcatatAAAAGTTTTAGTATTCACGAAAAGTAAAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 1:549089/127‑1 (MQ=255) aacaTTAGTAAAGGAAAAGGATTAGCAAACATGAAAAATATAGATGCAGCTGATTAAGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 1:585120/140‑1 (MQ=255) acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcagcactg > 2:761215/1‑136 (MQ=255) acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAtt > 2:139732/1‑140 (MQ=255) caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGTGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGGGAAAGATGCATAAATTAAAGAAGCTATTg > 2:204692/1‑140 (MQ=255) tAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATGgaag > 1:322633/1‑140 (MQ=255) aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCAGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaaga < 1:29272/140‑1 (MQ=255) aGTAATCTAAAAGTATTAGCAGACATGAAATTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCCATTAAATTTGGCGCGGGTGTCATTACAATATTAGGTGTTGCGGAAGATGCATCAATTATGGCGGCTATTgaaga < 2:149717/140‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAACTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 2:386901/140‑1 (MQ=255) gTAAAAGTATTAGCAGCAATGAAAATTATAGATGAAGCTGCTTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATCGGTGTTGCAGAAGAGGCATCAATTCACACAGCTATTGATGAAGCTcc > 2:615402/1‑139 (MQ=255) aaaaGTATTAGCAGACATGAAAATTAGAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATa < 2:342632/140‑1 (MQ=255) aaaaTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAGGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa < 1:739438/140‑1 (MQ=255) aaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa < 1:570453/140‑1 (MQ=255) aaaGGAATAGAAGACATAAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa < 1:739371/140‑1 (MQ=255) tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCGTCAATTGAAGAAGCTATTAAAGAAGCTCATAAAaat > 1:182637/1‑140 (MQ=255) tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat > 2:407762/1‑140 (MQ=255) tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat > 2:470280/1‑140 (MQ=255) tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat > 2:491165/1‑140 (MQ=255) ttAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCGATTAAAGCAGCTATTGAATAAACCCATaaaaaaaa > 2:99368/1‑140 (MQ=255) ttAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataa > 2:64895/1‑140 (MQ=255) aGACATGAAGATGAGAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCACTGAAGTAAATTGTGCGCGCTTCTAAGTAATATTGTAGTTTATGGAGAGGATTCATCAATTAAAACAGCTATTTAAGAAGCTCGTAAAGatcatatga < 2:271624/140‑4 (MQ=255) gACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATGTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACa < 1:292333/140‑1 (MQ=255) aCATGAAAATTATATATGCAGCTGATTATCAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGGGTTGCAGAAGATGCATCAATTAATGCAGCTATTGAAGAAGCTAATATAAAGAAGAAACag < 2:165767/140‑2 (MQ=255) aTGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAtt > 2:87062/1‑140 (MQ=255) gAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAc > 2:306234/1‑140 (MQ=255) aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt > 2:29476/1‑140 (MQ=255) aTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGt < 2:249795/140‑1 (MQ=255) ttATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAGTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAGAATTACTAGtt > 2:529894/1‑140 (MQ=255) tGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGa < 2:66029/140‑1 (MQ=255) gCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATCAAAATAATAAACACTTGCTAGTTGatgcaag > 2:716779/1‑135 (MQ=255) gtttATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt < 1:436169/138‑1 (MQ=255) ttATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTc < 1:448786/140‑1 (MQ=255) aGCCAAGCAATTAAATTTGGCGATTGTTTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGa > 1:368474/1‑140 (MQ=255) cAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGACTGCTGTTCAAGATTTATaaaa > 2:585238/1‑140 (MQ=255) aaGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATAACAGTAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGAAATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaaa > 1:481696/1‑140 (MQ=255) aaTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGACGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTg < 2:461495/140‑1 (MQ=255) ttAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTgaa > 1:177104/1‑138 (MQ=255) ttAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCACATAAAAATAATAAAAAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTgaa > 1:59121/1‑138 (MQ=255) tgtgtttGGCGCGGATTTAATTACAATAAGTGGTGTTGCAGAAGATGTATGAATTAATGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATCAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaa < 2:574181/136‑1 (MQ=255) tAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAGTAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGaaa > 2:108669/1‑140 (MQ=255) aaaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAAAATTACTAGTTACTATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGGaaa > 2:58958/1‑140 (MQ=255) ggCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACt < 2:284690/140‑1 (MQ=255) ggCGCGGATGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACt < 1:598898/140‑1 (MQ=255) acgGATGTAAGTACAATAATAGGTGTTTGAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGATATTGGAGAAGCTCATCAAAATAATAAACAATGACTAGTCAATATAATAGCTGTTCAAGATTTACAAAACCTTGAAAAAGAATTaaa > 2:28253/2‑138 (MQ=255) gATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGa > 1:27465/1‑140 (MQ=255) gATGAAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAATAAAGAAGCTAATTGAGAGGCTCAGAGAAATAATAAACAATTACGAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGa > 2:41905/1‑140 (MQ=255) tGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaaa < 2:322633/140‑1 (MQ=255) aataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTg < 1:260975/140‑1 (MQ=255) | AAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > CP000730/629547‑629816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |