| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,027,672 | C→A | 100% | G92V (GGC→GTC) | vraS ← | sensor histidine kinase VraS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,027,672 | 0 | C | A | 100.0% | 169.6 / ‑6.5 | 66 | G92V (GGC→GTC) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (37/27); minor base T (0/2); total (37/29) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACT > CP000730/2027538‑2027806 | catTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTATATATTTTGATAATTAATGACAACt > 1:715097/1‑140 (MQ=255)catTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTATTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGTTATAAATCT‑AACGTTTAACTATATATTTCTATATTTTGATAATTAATGACAACt > 1:303806/1‑140 (MQ=255) tattatAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCg < 2:429416/140‑1 (MQ=255) ttatAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGcc < 2:428548/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTg > 2:611240/1‑140 (MQ=255) ttgtttgttAAGTCGAATCTTATGCAATTCTTGACTTAAAGGTGCAAGTGTTGGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATAGTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGTCTTCCATTGAACGCTCAACTTGCg < 2:83337/133‑1 (MQ=255) gAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTACTGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACTCTCAttttcgccg > 2:586404/1‑135 (MQ=255) gAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTc > 1:444324/1‑140 (MQ=255) gAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTc < 2:207799/140‑1 (MQ=255) ttAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTTAACGCTCAATTTGCGTTTTatt > 2:332267/1‑138 (MQ=255) aGTCGCCACTTATGCAAGTCTTGATTTAAAGGTAAAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCa < 2:174928/140‑1 (MQ=255) tCGCAACTTAATCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAAt < 1:47182/140‑1 (MQ=255) gCAACTTATGTAATTCTTGATTTAAAGTTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCa < 1:339812/140‑1 (MQ=255) gCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCTTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCa > 1:67413/1‑140 (MQ=255) gCAACTTAAGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATTGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGAGCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCa < 1:339965/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTaa > 1:531550/1‑140 (MQ=255) ggTACAAGCGTATTCTATAAATCT‑ATCGTTTCATTATATATTTCTAGATTTTGATCATTAATGTCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATCTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAg < 1:76829/140‑1 (MQ=255) gTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTATATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGACTTCCATTGAACGATCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTATGCGAGt > 2:259424/1‑140 (MQ=255) tACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATGTATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTTATTTTGTAAGCGAGTa < 1:421832/140‑1 (MQ=255) tACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTa < 1:99192/140‑1 (MQ=255) aaGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTTGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTACTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCg > 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(MQ=255) ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 2:638564/1‑140 (MQ=255) ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 2:370542/1‑140 (MQ=255) ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGAGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGTTTGATTTTGTAAGCGAGTACCAAATCAACaata > 1:109543/1‑140 (MQ=255) ataAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCAGTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 2:125641/1‑140 (MQ=255) cT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGTACGCTCATTTTGCGTCTTAATACAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAAGGAGTATCTATATAACAATAATgcac > 1:27297/1‑140 (MQ=255) ttCAGTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAataata > 1:517082/1‑140 (MQ=255) tCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTACGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAatat > 1:81340/1‑140 (MQ=255) atatatTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatga > 2:565007/1‑140 (MQ=255) atatTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatgatg < 2:394992/140‑1 (MQ=255) agatTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCGCAAGTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatgatg < 2:112108/138‑1 (MQ=255) tttttCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATAtgatgatga < 1:701074/138‑1 (MQ=255) atTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGAGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaa < 2:420338/140‑1 (MQ=255) ttttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAAATGGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATAATGAGATTtaaaaa > 1:332975/1‑140 (MQ=255) ttGATCATTTATGTCAACTGTTTCGCCTTCTATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAGTCAAGTTATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAATAATAATACTCAATAGTATGATGTTGAGATTtaaaaata < 2:216255/140‑1 (MQ=255) ttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCTTTCCATTGAACGCACAATTTGCATCATAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATTATGATGAGATAaaaaaaaa < 2:138194/140‑3 (MQ=255) ttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaata < 1:465928/140‑1 (MQ=255) gATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATCTAATGATGAGATTtaaaaataaa > 1:339404/1‑140 (MQ=255) aTCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaa > 1:543348/1‑140 (MQ=255) tCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaaa > 1:445410/1‑140 (MQ=255) tCATTAAAGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTCATTGATTTTGTAAACGAGTACCGAACCAACAATAATACACAAAAATAAGATGATGAGATTtaaaaataaaaa > 1:30075/1‑140 (MQ=255) cATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATaaaaaa > 1:595228/1‑140 (MQ=255) tAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCAAGTACCAAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACt > 1:110999/1‑140 (MQ=255) | CATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCT‑AACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACT > CP000730/2027538‑2027806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |