| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,269,344 | A→G | 6.0% | V55A (GTA→GCA) | USA300HOU_2143 ← | possible HAD superfamily hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,269,344 | 0 | A | G | 6.0% | 186.7 / 3.6 | 68 | V55A (GTA→GCA) | USA300HOU_2143 | possible HAD superfamily hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/25); new base G (2/2); total (41/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.95e-01 | |||||||||||
ATTTGTTGGCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGATTATTTTCATGTAAAATTGTTCCATCCATGTCCAA > CP000730/2269206‑2269483 | aTTTGTTGGCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCTTCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTAc < 2:722971/140‑1 (MQ=255) tttGTTGGCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACa > 1:451620/1‑140 (MQ=255) tgttgGCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAg > 1:637490/1‑140 (MQ=255) gttgGCGCTTAGCTAAATTCGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATACTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACGAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTGCAAGt > 1:494410/1‑140 (MQ=255) gttgGCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTGCAAGt > 1:696717/1‑140 (MQ=255) gttgGCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGt > 1:138272/1‑140 (MQ=255) ggCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGGCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGa < 1:750236/140‑1 (MQ=255) aGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTCGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTAttt > 2:556210/1‑140 (MQ=255) tAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCTAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAg < 1:690709/140‑1 (MQ=255) gTACTTTGTTGAACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGa < 1:115187/140‑1 (MQ=255) gTAATTTTTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGGACAAGTGGAATTATTTCTGAATGCGa > 2:72176/1‑140 (MQ=255) tAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGaa > 1:538485/1‑140 (MQ=255) aaTTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAAc > 2:470286/1‑140 (MQ=255) aaTTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAAc > 2:69710/1‑140 (MQ=255) aaTTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAAc > 1:116495/1‑140 (MQ=255) tgttgCACTTGAGCCAATGATAAATCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTcc < 1:374729/140‑1 (MQ=255) ttgCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTg > 2:260429/1‑140 (MQ=255) gCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGtt > 2:238083/1‑140 (MQ=255) cTTGAGCCAATGATAAACGATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCAGTTGAACTAATGATGCCATTAACGGAAAAATCTTGCGGAACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGACCTGTTGcc > 2:344132/1‑140 (MQ=255) cTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCACTTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGAGAACGTCCTGTTGcc > 1:387464/1‑140 (MQ=255) tGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATATTTCCTCCATCTTCTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCaa < 1:393391/140‑1 (MQ=255) tGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTAGTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCaa < 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< 2:289044/136‑1 (MQ=255) tAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTtat < 2:166600/140‑1 (MQ=255) ccATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAAAGTCCTGTTGCCaaacctcttttttattc > 2:716348/1‑126 (MQ=255) cTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGTTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTtct < 1:237668/140‑1 (MQ=255) cTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTtct > 2:555409/1‑140 (MQ=255) gaacttAATTTCGCCTTCTACTTCTCCAATTGTTGCATTTGACTTAATGATGTCATTAACCGCAAAATCTTGAGTGACAAGTTTATGGATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTtctctc < 2:80432/135‑1 (MQ=255) gAAGATAATTTTTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGTTGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTtctctc < 2:80788/140‑1 (MQ=255) gAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTGCAAGTTGATGTATTTCATAATGTGAACGACAAAATGAAAAAAATACTTTATATCCTTtctctc < 2:494410/140‑1 (MQ=255) gAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTGCAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTtctctc < 2:696717/140‑1 (MQ=255) gAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTtctctc < 1:238083/140‑1 (MQ=255) gATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATATGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGAATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAGATACTGAATATCATTTCTCTCCCa > 2:460571/1‑140 (MQ=255) ccctCTACTTCGCCAATTGTTCCATTTGAGCTAATGACGCCCGTACCAGCGATCACGCCATGTACAAGTTGATGTATTTCAGAACGCGAACGACCTGTTGCCAAAAATACTTTATATTCTTTCTCTCTCAATTGATTAAt < 1:21456/137‑1 (MQ=255) cgtCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATCTCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATg < 1:69297/138‑1 (MQ=255) aTCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGa < 1:69710/140‑1 (MQ=255) aTCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGa > 1:17284/1‑140 (MQ=255) aTCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGa < 1:470286/140‑1 (MQ=255) tCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATAATTTATATCCTTTCTCTCACAATTGATTAATGAc > 2:187787/1‑140 (MQ=255) tCTACATCTCCAATTGTTCCATGTGCACTAGTGATGCCATTAACCGCAAAATCTGGAGGTACAACTTGATGTATTTCAGAATGCGAAGGTCCTGTTGCCACAAATACTTTCTATCCTTTCTATCTCAGTTAATTAATgcc > 2:161693/1‑138 (MQ=255) cTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGCTGATATTATTCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACa < 1:139735/140‑1 (MQ=255) ttCTCCAATTGTTCCATTTGATCTTATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCtt < 1:292816/140‑1 (MQ=255) tctcCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCttt < 2:138272/140‑1 (MQ=255) tctcCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTACTCTTGCGAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCttt > 1:561889/1‑140 (MQ=255) tcCAATTGTGCCGTTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAATTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCg > 2:670081/1‑140 (MQ=255) tGTTCCATTTGAACTAATGATACCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTCCAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACg > 1:395471/1‑140 (MQ=255) tCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTg > 2:420808/1‑140 (MQ=255) tCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTg > 2:612307/1‑140 (MQ=255) gAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCtta > 2:181956/1‑139 (MQ=255) aaCTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGGTGATTGa > 1:253791/1‑140 (MQ=255) aaCTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGa > 1:576355/1‑140 (MQ=255) aaCTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGa > 2:652311/1‑140 (MQ=255) aCTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGat > 1:420064/1‑140 (MQ=255) aCTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCCCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGat < 1:650129/140‑1 (MQ=255) aaTGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGattat > 1:402975/1‑140 (MQ=255) ccATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGATTATTTTCATg > 1:431470/1‑140 (MQ=255) cATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGGTGATGCTTGATTATTTTCATGt < 2:538485/140‑1 (MQ=255) aTTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGCTGTATTTCAGAATGCAGACATCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTAACTATCAATTGATTAATGTCATCTTTCGTATACGTTGCTGCTTGATTATTTTCATGTa > 1:60572/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) | ATTTGTTGGCGCTTAGCTAAATTAGTAATTTGTTGCACTTGAGCCAATGATAAACCATGCTTGAAGATAATTTCTCCATCTACTTCTCCAATTGTTCCATTTGAACTAATGATGCCATTAACCGCAAAATCTTGAGGTACAAGTTGATGTATTTCAGAATGCGAACGTCCTGTTGCCAAAAATACTTTATATCCTTTCTCTCTCAATTGATTAATGACATCTTTCGTATACGTTGATGCTTGATTATTTTCATGTAAAATTGTTCCATCCATGTCCAA > CP000730/2269206‑2269483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |