| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,409,590 | A→G | 5.9% | Q127R (CAA→CGA) | ureG → | urease accessory protein UreG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,409,590 | 0 | A | G | 5.9% | 218.1 / 3.1 | 80 | Q127R (CAA→CGA) | ureG | urease accessory protein UreG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/42); new base G (4/2); total (36/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
AACTTTGCAGCAATAGACGAATTATTAGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGTATTTCGTGGTA > CP000730/2409451‑2409727 | gaCTTTTGAGCAATAGACGAATTATTAGAACGTCATGGCAATGTAGCACTAGTGTTCATAGTATCTGGTTGCGATAACTTAGCAGCTCCATTTAGTCCAGAACTTGTGGAGTTTTCAATGTGTATTATCGAGGTTGCTCa < 2:177362/139‑1 (MQ=255)aaCTTTGCAGCAATAGACGGATTATTAGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCa < 2:726355/140‑1 (MQ=255)aaCTTGTCAGCAATAGACGAATTATTAGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATCTATTATCGATGTTGCTCa < 2:576590/140‑1 (MQ=255) ttttCAGCAATAGACGAATTATTAGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAgg < 1:281718/140‑1 (MQ=255) 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attaGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAg < 1:296604/140‑1 (MQ=255) ataGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCCCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAgg > 2:542478/2‑140 (MQ=255) tagacgcgcATGACGCTATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCAAGAACTTGTTGACTGTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAggt < 2:568792/132‑1 (MQ=255) taGAACGTCATGACGTTATAGGTCTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATTTCTTAGCAGCATCATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAggt < 1:121676/140‑1 (MQ=255) taGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAggt > 1:749702/1‑140 (MQ=255) taGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAggt < 1:684956/140‑1 (MQ=255) taGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAggt < 2:147709/140‑1 (MQ=255) gAACGTCATGACGATATAGAACTCCCTAAAATATTATCTGGTGGCGATAACGTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTGCAATAAATATTATCGATGTTGGTCGTGGTGAAAAGATTCCAATTAAAtgtgg > 1:367561/1‑140 (MQ=255) gAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAggtgg < 1:108422/140‑1 (MQ=255) cATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAgg < 1:170161/140‑1 (MQ=255) tGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTTCAGTACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTa < 1:78975/140‑1 (MQ=255) tGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTa < 1:468318/140‑1 (MQ=255) aCGATATAGAACTAATTTTCCTAGAATCTGGTGGCGATAACTTACCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGAGAAAAGACTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATg > 1:462341/1‑140 (MQ=255) gATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGAt < 1:733548/140‑1 (MQ=255) gATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGAt > 1:291765/1‑140 (MQ=255) gATATAGAACGAATTTACATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCAAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCGAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAAGGGGTCAAGGTCTGAt > 2:206239/1‑140 (MQ=255) tataGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTa > 1:608813/1‑140 (MQ=255) taGTACTAATTTTCATAGAATGTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGGTGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAg < 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1:383556/1‑140 (MQ=255) aGAATCTGGTGGTGAAAACTTAGCAGCAACATGTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTaa < 2:380008/140‑1 (MQ=255) aGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGAACAATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTaa > 2:128536/1‑140 (MQ=255) atcttgaagcaaTAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATCTATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGGGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTa > 2:290167/12‑140 (MQ=255) aTCTGGTGGTGATACCTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGATTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCGCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTa < 1:264875/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAGCACATTCCAAGTAAAGGGATTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTa < 1:364682/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTa < 2:169056/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTa > 1:427192/1‑140 (MQ=255) tggtggCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACa < 1:247638/140‑1 (MQ=255) tggtggCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAACATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGTTCAAGGTATGATTAAGTCCGATTTCTTTGTAATTAACa < 1:424227/140‑1 (MQ=255) gATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGa < 2:749702/140‑1 (MQ=255) ataagatcgacgaaaCAGTGAGTCCAGAACTTGTTGACTGTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGAt > 2:352352/14‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) atCGATGTTGCTCGAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGt < 1:624617/140‑1 (MQ=255) atCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGt < 1:571455/140‑1 (MQ=255) gATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGTAtt > 1:422529/1‑140 (MQ=255) gCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGTATTTCGTgt > 2:510944/1‑139 (MQ=255) cTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGTATTTCGTGGt > 1:217471/1‑140 (MQ=255) cTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGTATTTCGTGGt > 2:546834/1‑140 (MQ=255) cTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAAAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGAATTTCATGGt > 1:86059/1‑140 (MQ=255) tCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGTATTTCGTGGTa > 2:432306/1‑140 (MQ=255) | AACTTTGCAGCAATAGACGAATTATTAGAACGTCATGACGATATAGAACTAATTTTCATAGAATCTGGTGGCGATAACTTAGCAGCAACATTTAGTCCAGAACTTGTTGACTTTTCAATATATATTATCGATGTTGCTCAAGGTGAAAAGATTCCACGTAAAGGTGGTCAAGGTATGATTAAGTCAGATTTCTTTGTAATTAACAAAACTGATTTAGCTCCCTATGTAGGTGCATCATTAGAACAAATGGCTGAAGATACTAAAGTATTTCGTGGTA > CP000730/2409451‑2409727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |