| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,709,576 | C→T | 93.7% | G451S (GGT→AGT) | oatA ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,709,576 | 0 | C | T | 93.7% | 271.2 / 4.3 | 100 | G451S (GGT→AGT) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/5); new base T (53/40); total (55/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TTTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > CP000730/2709439‑2709712 | ttttttAGCATATTCTTTATATTCCGATTCCACAATTGGTGTACCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAACCTGTCCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTaa < 2:574265/140‑1 (MQ=255) tttttAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAAt < 1:15807/140‑1 (MQ=255) gCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAg > 2:668038/1‑140 (MQ=255) aTAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAgtg > 2:512754/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACTATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAGAGACATTACCAATATGCACCATGACCGAGTCACTAATTAATTGTGGtgatgt > 2:268212/1‑139 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga < 1:405563/140‑1 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga > 2:267785/1‑140 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAAACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga > 1:588080/1‑140 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAAATTTACCATCAATTTGTGAATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGAAATTACCAATATCCACCATGACCGACTAACTAATTAATAATGGtgatga > 2:283267/1‑140 (MQ=255) tataTTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGGCGTCCCACTTTACCATCAATTTGTGCACTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCACTATCCACCATGGCCGAGTCACTAATTAATAGAGGTGATGAc > 2:485015/1‑140 (MQ=255) acactgctctttCACAATTGGAGTAGCATCAACGAGTTGCCTTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACt < 2:408500/131‑1 (MQ=255) tatTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACtt > 1:108377/1‑140 (MQ=255) atTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCAGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACttt > 1:487896/1‑140 (MQ=255) ttGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACtttt > 2:704040/1‑140 (MQ=255) cGATTTCACAATTGTTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTCCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTaa < 1:167475/140‑1 (MQ=255) cacaATTGGTGTAGCATCAACGATTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGGGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGATCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCct 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> 2:468988/1‑140 (MQ=255) caATTGGTGCAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCCTCAATTTGTGCATTTGGCATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCCGGTCACTACTTAATATTGCTCATGACTTTTCAATATCctct > 2:553163/1‑140 (MQ=255) tgtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAt > 1:329103/1‑140 (MQ=255) tgtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAt > 1:207686/1‑140 (MQ=255) gtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAtt < 2:714394/140‑1 (MQ=255) gCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCTATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGc < 1:473661/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCct > 1:445249/1‑140 (MQ=255) aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCACTATCCAGCATGACCGAGTCACTACTTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTCATCCTCTTGCt > 2:423794/1‑140 (MQ=255) aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTTTCTACTTTTCCGCTGGCt > 2:632117/1‑140 (MQ=255) aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCt < 2:630130/140‑1 (MQ=255) cTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCGGTCTGCTTATCCTCTTGCGTa > 2:203254/1‑140 (MQ=255) cTTGACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGAAGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTa > 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accaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttctt < 1:537333/140‑1 (MQ=255) accaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTATCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTTTTTTCATTGATTTTAATTCCGTCTTCTTTtcttcctt > 1:469863/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 1:467538/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 1:85323/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 2:411731/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTATATTCGAGGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 2:414181/1‑140 (MQ=255) caTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTtcttct < 1:714987/140‑1 (MQ=255) attaCCGAGTCATTAATTAAAAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTTCTTATCTTTTTTACCGCCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCTTCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:433570/137‑1 (MQ=255) aTGCCCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTGTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTTCCTGCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:311447/140‑1 (MQ=255) aTGACCGCTTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTTTTTTAAATTTCGCCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:350589/140‑1 (MQ=255) aTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACCTTTTTATTTGTTGTTTTACATTCCGTCTTCTTTTCTTTCTtctc < 2:68047/140‑1 (MQ=255) tGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTCTTCGCTGTCTGATTATACTCTTGCTTATCTTTTTTAATAACTTTTTTTTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTATTCTCTTtctcctgt > 2:377409/1‑138 (MQ=255) aCCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGc > 1:283815/1‑140 (MQ=255) ccGACTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCGCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCt > 1:519691/1‑140 (MQ=255) gAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGCCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTc < 2:670304/140‑1 (MQ=255) aGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCa > 1:337658/1‑140 (MQ=255) gTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCAt < 1:652846/140‑1 (MQ=255) gTCACTAATTAATAGAGGTGATGACTATTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCATATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTTGTTGTTTTAAATTCCGACTTCTTCTCTTTCATCTCGCCTTCAt > 2:644577/1‑140 (MQ=255) cACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCGTCTCGGCTTCAtgt < 1:397861/140‑1 (MQ=255) cACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCATCTCGGCTTCAtgt < 1:397872/140‑1 (MQ=255) | TTTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > CP000730/2709439‑2709712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |