Predicted mutation
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RA	CP000730	512,643	A→G	56.5%	intergenic (+711/‑150)	recR → / → rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
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*	CP000730	512,643	0	A	G	56.5%	35.5 / 76.4	62	intergenic (+711/‑150)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (14/13);  new base G (20/15);  total (34/28)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

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                                                                                                                                           tGTTAATAAAATGTATAATAAATTCTTGTCGGTAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATTTGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAATTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAAtttt  <  2:219276/149‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                |                                                                                                                                                 CAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTT  >  CP000730/512500‑512787

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑