| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 987,095 | G→T | 10.8% | G305C (GGT→TGT) | fabH2 → | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 987,095 | 0 | G | T | 10.8% | 125.1 / 6.1 | 37 | G305C (GGT→TGT) | fabH2 | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/11); new base T (2/2); total (24/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
GATAGTTGGCTATGGTACTACAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTGCAACAGGTGGAATTGAAGCAATC > CP000730/986953‑987238 | gaTAGTTGGCTATGGTACTACAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACaa > 2:230517/1‑149 (MQ=255) ttGGCTATGGTACTACAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACt < 2:132356/149‑1 (MQ=255) tGGCTATGGTACTACAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTc > 2:192523/1‑149 (MQ=255) tGGCTATGGTACTACAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTc > 2:293509/1‑149 (MQ=255) gCTATGGTACTACAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCt > 1:20028/1‑149 (MQ=255) tacAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACt < 2:1241/149‑1 (MQ=255) gTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATTGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAAt > 1:198445/1‑149 (MQ=255) gTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATTGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAAt > 1:198473/1‑149 (MQ=255) gATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGa > 2:265980/1‑149 (MQ=255) cATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGc > 1:53775/1‑149 (MQ=255) cATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGc < 1:172281/149‑1 (MQ=255) tatTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTa < 1:51397/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTaaa > 2:239036/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTaaa > 1:262173/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTaaa > 2:239016/1‑149 (MQ=255) gcCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATa > 1:110895/1‑149 (MQ=255) tCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTg < 2:29561/149‑1 (MQ=255) aGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTg < 2:98652/149‑1 (MQ=255) aaggtgaaggtgGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGaa < 2:237772/149‑1 (MQ=255) gtgaaggtgGGTCGAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAagca < 2:4636/149‑1 (MQ=255) gaaggtgGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAagcagc > 1:70700/1‑149 (MQ=255) ggtggtTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTaa > 2:146241/1‑149 (MQ=255) gtTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAacac > 2:34583/1‑149 (MQ=255) agagCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTaaa < 1:10816/149‑1 (MQ=255) agCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAg > 1:258861/1‑149 (MQ=255) cagcTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTcaaca > 1:283776/1‑149 (MQ=255) ggTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCa < 1:167493/149‑1 (MQ=255) aaCCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATTGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCacttactt < 2:198473/149‑1 (MQ=255) aaCCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATTGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCacttactt < 2:198445/149‑1 (MQ=255) aaCCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCacttactt > 1:177039/1‑149 (MQ=255) aGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACACGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTCGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGCTCACTTACTTGGTGCaa > 2:148424/1‑149 (MQ=255) aaTACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTGCAACAGGTGGa > 2:213092/1‑149 (MQ=255) tACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTGCAACAGGTGGAAt < 2:20028/149‑1 (MQ=255) ttAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTGCAACAGGTGGAATTGa > 1:150977/1‑149 (MQ=255) ttAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTGCAACAGGTGGAATTGa > 1:98700/1‑149 (MQ=255) aTGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTGCAACAGGTGGAATTGAAGCa > 1:297709/1‑149 (MQ=255) cccATGGTAACAGTACTCCTGCTGGTGCCTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAGAAATACATTTCGTCTAGCAGATAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTACATTAGGTGGTATTAAAGAAAtc > 2:150978/1‑149 (MQ=255) | GATAGTTGGCTATGGTACTACAGGTGATGCTTATCATATTACAGCGCCAGCTCCAGAAGGTGAAGGTGGTTCTAGAGCAATGCAAGCAGCTATGGATGATGCTGGTATTGAACCTAAAGATGTACAATACTTAAATGCCCATGGTACAAGTACTCCTGTTGGTGACTTAAATGAAGTTAAAGCTATTAAAAATACATTTGGTGAAGCAGCTAAACACTTAAAAGTTAACTCAACAAAATCAATGACTGGTCACTTACTTGGTGCAACAGGTGGAATTGAAGCAATC > CP000730/986953‑987238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |