| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,460,315 | T→C | 13.5% | intergenic (‑347/+53) | USA300HOU_1356 ← / ← ctpA | possible acetyltransferase/S41A family carboxy‑terminal peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,460,315 | 0 | T | C | 13.5% | 67.0 / 5.9 | 30 | intergenic (‑347/+53) | USA300HOU_1356/ctpA | possible acetyltransferase/S41A family carboxy‑terminal peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/12); new base C (2/2); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
TGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTAGGAGGCGTGTCATTAACATAATAATAATACAATTTTAGTAGTGTGTATCGCTTATTTTAAAATATTAATCAACTTATCGAGAACATCATCATGTTTATTAGCTTTTTCAACTAATAACTCAGTAAATTTATTATTCGTTTCTTTA > CP000730/1460168‑1460461 | tGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAGTTTa > 2:30537/1‑149 (MQ=255)tGCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTAGCTTTGCAAATTTa > 1:290512/1‑149 (MQ=255) gCTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTag < 1:162944/149‑1 (MQ=255) cTCATTGCATATTAAACCATGAATTGTTATCAGCGATGATAGAAATTGCGTTATTTACATCATTTGTAAATGTCTAATTTATATCTTTTAGAGTTAGACGTCAATAAAAATAAACACGCCTCCTAAATTGCTATCTTTGCAAATTTagg 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |