| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,479,498 | C→T | 20.0% | G7509D (GGT→GAT) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,479,498 | 0 | C | T | 20.0% | 53.5 / 5.9 | 24 | G7509D (GGT→GAT) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/11); new base T (3/2); total (11/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACATTATTAACTGTTGCAATATCTGGTGCTTGTTCAACTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACTGCATTATCATATGCTG > CP000730/1479363‑1479624 | aCATTATTAACTGTTGCAATATCTGGTGCTTGTTCAACTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTGCCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTg > 2:34761/1‑149 (MQ=255) ttGCAATATCTGGTGCTTGTTCAACTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTc > 1:72866/1‑149 (MQ=255) ttGCAATATCTGGTGCTTGTTCAACTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTc > 1:54159/1‑149 (MQ=255) tGCAATATCTGGTGCTTGTTCAACTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCa < 1:237304/149‑1 (MQ=255) tCAACTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCttgttg < 2:157317/149‑1 (MQ=255) cTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAAtt < 2:94133/149‑1 (MQ=255) gttgttAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTAtt < 1:46887/149‑1 (MQ=255) cgcTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTATCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCa > 1:302452/1‑149 (MQ=255) cgcTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTATCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCa > 1:302459/1‑149 (MQ=255) cgcTTGTTCCTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAACATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGACTTGAATTTGGACCCa > 2:139021/1‑149 (MQ=255) gCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATttgt < 2:119693/149‑1 (MQ=255) gCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATttgt < 1:300692/149‑1 (MQ=255) gATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAAc < 2:52880/149‑1 (MQ=255) tACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTATCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATtcttct < 2:302452/149‑1 (MQ=255) tACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTATCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATtcttct < 2:302459/149‑1 (MQ=255) tACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATtcttct < 1:225759/149‑1 (MQ=255) gttgtCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGt > 2:22085/1‑149 (MQ=255) cTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGTTTTTCTTTAAGTGCTTGACCTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACtt > 2:123777/1‑148 (MQ=255) cTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACTg < 2:22368/149‑1 (MQ=255) tAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACTGCa < 2:54159/149‑1 (MQ=255) tAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACTGCa < 2:72866/149‑1 (MQ=255) gCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACTATTCTTCTGCTTTTGTTACTGCAtt > 2:101675/1‑149 (MQ=255) cATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACTGCATTa > 2:214321/1‑149 (MQ=255) ggCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACTGCATTATCATATGCTg > 1:89600/1‑149 (MQ=255) | ACATTATTAACTGTTGCAATATCTGGTGCTTGTTCAACTTGAGTTGTTAGCGCTTGTTTTTGAGCATCATTTAAATGATCTAGTGTACCAAGTGTTGTCTTAGCATCTTGTTTGGCATCAGCTAATTTTTGATTACCGTTAAGTGCTTGATTTGTGTCATTCACTTTAGTTAATGCTTGTTGAATTGTATTTGGATCCATTGTTGGATTTGTTGTTTGTTTTAACAATTCTTCTGCTTTTGTTACTGCATTATCATATGCTG > CP000730/1479363‑1479624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |