| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 312,003 | A→G | 5.8% | K165E (AAA→GAA) | bglA → | 6‑phospho‑beta‑glucosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 312,003 | 0 | A | G | 5.8% | 211.7 / 2.0 | 69 | K165E (AAA→GAA) | bglA | 6‑phospho‑beta‑glucosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/36); new base G (2/2); total (31/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
ACAAGGTATTGAACCTGTTGTGACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTATCAAGTAGCA > CP000730/311867‑312143 | acaAGGTATTGAACCTGTTGTGACGTTATCACATTTGGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATataaaga < 2:217195/141‑1 (MQ=255) caAGGTATTGAACCTGTTGTGACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGATGTCGATTATTTTGTGCATTGTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATataaagat < 1:718245/141‑1 (MQ=255) aaaGGTATTGAACCTGTTGTGACGTTATCACATTTTGAGATGCCAATTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATataaagat < 2:648130/140‑1 (MQ=255) ggTATTGAACCTGTTGTGACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGAtataaatataaa > 2:79415/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttgtGACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGa > 2:135706/1‑141 (MQ=255) cacgACGTTATCACATTTTGATATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGTATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTCTGTGCATTTTGCGCTTGTTGTATTTGAAACATATAAAGATAAAGTTACATATTGGAt < 1:230395/138‑1 (MQ=255) gtgACGTTATCACATTTTGAGATGGCACTTCATTTAGCGAAACAATCAGGTGGCCCTAGAAATAGAGACGTAGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATGAAGATAAAGTTACATATTGGATg > 1:591193/1‑141 (MQ=255) gtgACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATg > 1:141984/1‑141 (MQ=255) gtgACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATg > 1:173663/1‑141 (MQ=255) gtgACGTTATCACATTTTGAGATGCCAATTCATTGAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATGAAGATAAAGTTACATATTGGATg > 1:594203/1‑141 (MQ=255) gACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGAc > 1:754758/1‑141 (MQ=255) tATCACATTTTGAGATGACACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGGGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTTCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAGAGATAAAGTTACATATAGGATGGCATTTa > 2:754350/1‑141 (MQ=255) tCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAACAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAAt < 2:381097/141‑1 (MQ=255) cacaTTTTGGGATGCCCCTTCATTTAACGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGTAGTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATg < 1:492636/141‑1 (MQ=255) cacaTTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATCTTGGATGCAGTTTaagg > 2:211352/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCACTTCATTTAGCGAAACATTACGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCa > 1:519202/1‑141 (MQ=255) tCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGa > 2:247883/1‑141 (MQ=255) gtgtAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGGTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGGGTTGTATTGGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGaca < 2:200138/138‑1 (MQ=255) aTTTAGTGAACAATTCTGGTGGATTTATAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACTTATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGaca < 1:127033/141‑1 (MQ=255) aTTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTATAAATATAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGaca < 1:730935/141‑1 (MQ=255) aTTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGTGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGaca < 1:72529/141‑1 (MQ=255) tttAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGacac < 2:539585/141‑1 (MQ=255) tttAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGacac < 1:473524/141‑1 (MQ=255) tataacgcaaCCTTATTGTTGATTTGTTAACAGATATGTTGTTGATTATTTTTTGAGTTTTGCGTGTGTTGTATTTGAAAGATAGAAAGATAAAGTTTCATATTGGATGACGTTTAATGAAATTCATAATCAGATGGacac < 1:402046/133‑1 (MQ=255) ttAGTGAAACATTATGGGTGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGAcaca < 1:91064/141‑1 (MQ=255) aGCGAAACATTATGATAGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGACGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATc > 1:450442/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aattAGCAATAGATACGTTGTTGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATg < 1:690334/139‑1 (MQ=255) aTTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATg < 1:138047/141‑1 (MQ=255) tagaaactgactcgttgttGATTGTTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTATATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGAc < 1:129781/128‑1 (MQ=255) tAGAAGTAGGGTAGTTGTTGATTGTTTTGTGGATGTTGCCGGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATAGCGGATGACGTTCAATGAAATTCATAATCAGAAGCACACATCAAAAGCTATTCCTTTATGGAc < 2:409213/141‑1 (MQ=255) ggAAATAGATAAGTTGTGGATTATTTTGTGCATTTTGCGGGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATTTTGGATGACGTTTAATGAAAGTAATAATCAGATGGACACATTAAATCCTATCTTTTTATGGACg < 2:387535/140‑1 (MQ=255) aGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACg < 2:583656/141‑1 (MQ=255) gAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTAGTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCGTATCTTTTTATGGACGa > 2:524991/1‑141 (MQ=255) ggagaAGTTGTCGATTATTTTGTGCAGTTGTCGCGTGTTGTATTTTAAAGATATAAAGATAAAGTTATATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCt < 2:330993/140‑1 (MQ=255) aGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGt < 1:657611/141‑1 (MQ=255) ttGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAg > 1:468241/1‑141 (MQ=255) ttGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAg > 1:14562/1‑141 (MQ=255) cGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCAtt < 2:663167/141‑1 (MQ=255) cGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAACTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATGATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGCAGCAtt < 2:509448/141‑1 (MQ=255) gATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTg > 1:465427/1‑141 (MQ=255) gATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTg > 2:755929/1‑141 (MQ=255) gATTAGTTTTTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTCAAAGATAAAGATACAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTg < 1:548034/141‑1 (MQ=255) ttattTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATGAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGTCGAATTCTGGGGTAGCATTGAc < 2:591193/141‑1 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2:390480/1‑141 (MQ=255) gAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTAt > 1:144286/1‑141 (MQ=255) gaaGAGATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTATc < 2:421703/140‑1 (MQ=255) aGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGGATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTATCaa > 1:318057/1‑141 (MQ=255) aGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTATCaa > 1:663689/1‑141 (MQ=255) gATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTATCAAg > 1:338182/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaagataaagTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTAGCCAGTAGca > 2:220349/1‑141 (MQ=255) aaagataaagTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAAACAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTATCAAGTAGca > 2:91361/1‑141 (MQ=255) | ACAAGGTATTGAACCTGTTGTGACGTTATCACATTTTGAGATGCCACTTCATTTAGCGAAACATTATGGTGGATTTAGAAATAGAGAAGTTGTCGATTATTTTGTGCATTTTGCGCGTGTTGTATTTGAAAGATATAAAGATAAAGTTACATATTGGATGACGTTTAATGAAATTAATAATCAGATGGACACATCAAATCCTATCTTTTTATGGACGAATTCTGGGGTAGCATTGACAGAAAATGATAATCCTGAAGAAGTCTTGTATCAAGTAGCA > CP000730/311867‑312143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |