| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 396,540 | G→A | 100% | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 → | possible lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 396,540 | 0 | G | A | 100.0% | 281.9 / ‑6.5 | 86 | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 | possible lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/50); minor base C (0/1); total (35/51) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > CP000730/396407‑396675 | aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 2:465995/141‑1 (MQ=255)aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 1:395556/141‑1 (MQ=255)aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 2:516940/141‑1 (MQ=255) atatCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaaaa > 2:279926/1‑141 (MQ=255) cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTa > 1:803271/1‑141 (MQ=255) aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTaa > 2:805820/1‑140 (MQ=255) aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAt > 2:269865/1‑141 (MQ=255) aCCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAGATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACTAAAAATTTATGa > 2:131857/1‑141 (MQ=255) cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:699011/141‑1 (MQ=255) aaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa < 2:482488/141‑1 (MQ=255) aaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa < 1:34652/141‑1 (MQ=255) aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:463844/141‑1 (MQ=255) gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAcc > 2:766075/1‑141 (MQ=255) aGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAtttt < 1:564148/141‑1 (MQ=255) aGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAtttt < 1:807745/141‑1 (MQ=255) ggTTCTTTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa < 1:29626/141‑1 (MQ=255) ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTAAATAAAGTACAGAGTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCAAGTAAAAAATTTATGACTTTTTTaattcaaaaaaa < 2:32723/141‑11 (MQ=255) ggTTCTGTTGACCTATTAAAGGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTCATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa < 1:419371/141‑1 (MQ=255) gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAACTAGCTGGCGATGAAGAACTGTTTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAGTTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaa > 1:190624/1‑141 (MQ=255) gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:554777/1‑141 (MQ=255) gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:734720/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) caatgtCTAAAACCATAGGTGAATAAGAAATTTCTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACCAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAGGATAAAGAATTAAGtgatg < 2:453825/136‑1 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga < 2:406899/141‑1 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga < 2:464078/141‑1 (MQ=255) atatAAAAACAAAGGAGAAGAAGAAATTTAATCACATACAGAGATATATGATTTTATAGCGAACGTTGAAGGCAAAAAAAAAATTTATGACTTATTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGatat < 2:175329/138‑1 (MQ=255) aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa < 1:577399/141‑1 (MQ=255) aatttacagtgtaagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:806492/129‑1 (MQ=255) aaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 1:783234/141‑1 (MQ=255) aaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 1:334723/141‑1 (MQ=255) aaaTCACAAGTGAAGAAGAAATTTATTTAAATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAATCCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:515369/141‑1 (MQ=255) aaaTCAAAGTCGAATAAGAAATTTACTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:124528/141‑1 (MQ=255) aaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGGCGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAAt < 1:187684/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tagaagaaATTTATTCAAATACCGATGTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATa < 2:401317/140‑1 (MQ=255) agaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGCTATCCAAATGattctctatag > 2:165213/1‑131 (MQ=255) aagttATTCACATACATATTTATATTATGTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 2:729916/138‑1 (MQ=255) aaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 1:83343/141‑1 (MQ=255) aaTTTATTCAAATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 1:66350/141‑1 (MQ=255) tATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa > 1:401317/1‑141 (MQ=255) acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAACTGAACTTCGATAAAGTGAATCAattatt < 1:513536/141‑1 (MQ=255) acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAAAGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTGTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAattatt < 2:217572/141‑1 (MQ=255) aaaGATATATATGATTTTAAAGTGAACGTAGAAAAAAAAAAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGAt < 2:803271/139‑1 (MQ=255) cAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACATAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATGAATTATTGGATa < 1:572284/141‑1 (MQ=255) tttATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAata > 2:86771/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa < 1:661736/141‑1 (MQ=255) tgttttAAAGCGAACGTGGAAGGCATAAAAAAAATTTATGTCTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAGTAAGTTATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGAt < 1:122965/139‑1 (MQ=255) tttAAACCGAACGTTGAAGGCCAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAATTCAGAGAAAAAAAATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAAGATAAAGATaac < 2:104302/141‑1 (MQ=255) ttAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaaca > 2:190054/1‑141 (MQ=255) aaaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATAATTGGAAAAATATAAAGATaacaac > 1:184371/1‑141 (MQ=255) atcGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 1:165569/139‑1 (MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGCTAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:207286/1‑141 (MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:705990/1‑141 (MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 1:681913/1‑141 (MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 1:86771/141‑1 (MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCAAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTAGTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:317048/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAACTTTCTGACTTGTTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 2:373240/1‑141 (MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAACTGTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGCGAAAGAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGCATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTAta > 2:16914/1‑140 (MQ=255) tGAAGGTACACAAAAAAGTTATGACTTATTTAAATCTAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGa < 2:660024/141‑1 (MQ=255) gAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAg < 1:766075/141‑1 (MQ=255) gAAGGCACACAAAAAATTTACGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAAGATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAg > 1:489869/1‑141 (MQ=255) aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:626718/141‑1 (MQ=255) aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:398639/141‑1 (MQ=255) aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:659803/141‑1 (MQ=255) | AGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > CP000730/396407‑396675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |