| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description | 
| RA | CP000730 | 707,910 | A→G | 100% | intergenic (‑1/‑121) | mntB ← / → sirR | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible metal‑dependent transcriptional regulator | 
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 707,910 | 0 | A | G | 100.0% | 253.4 / NA | 71 | intergenic (‑1/‑121) | mntB/sirR | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible metal‑dependent transcriptional regulator | 
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (37/34); total (37/34) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGT  >  CP000730/707785‑708034                                                                                                                             |                                                                                                                            gATTTACCAGCACCATTCGGGCTTATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGACAAGCACGTGTATTTTCGTACCTGCTAATTTCCTAAAAATAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACTAGCGCTTTTAACTCCTa                                                                                                               >  2:333630/1‑141 (MQ=255)gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTa                                                                                                               >  2:777355/1‑141 (MQ=255)gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTa                                                                                                               >  2:207987/1‑141 (MQ=255)    tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTa                                                                                                           >  1:100803/1‑141 (MQ=255)     aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaa                                                                                                          >  2:548062/1‑141 (MQ=255)     aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaa                                                                                                          <  1:342578/141‑1 (MQ=255)      ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaaa                                                                                                         >  2:61140/1‑141 (MQ=255)      ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCCCCTAATTaaa                                                                                                         >  2:169592/1‑141 (MQ=255)              aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGAGAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg                                                                                                 <  1:548062/141‑1 (MQ=255)               ttCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCCATAATCAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTCATTCAAAGTTTAAGc                                                                                                >  1:761513/1‑141 (MQ=255)                tcgggcactcggtACCAATTGTTTCGCCGCTAACTGGTATCGATAAGGAACTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAACCAGATTTAAATCTGTTGTTTCTAACAAGCGTTTATTCCTCCTACTTAAAAGTTTAGGCt                                                                                               <  1:146721/129‑1 (MQ=255)                  gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                             <  2:236778/141‑1 (MQ=255)                  gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                             >  2:712237/1‑141 (MQ=255)                  gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                             <  2:394589/141‑1 (MQ=255)                  gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCGTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                             <  1:387951/141‑1 (MQ=255)                    gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTGTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc                                                                                           <  1:179332/141‑1 (MQ=255)                        ct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| 
| Alignment Legend | 
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG | 
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑ |