| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 712,088 | T→C | 7.9% | L134S (TTA→TCA) | tagG → | teichoic acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 712,088 | 0 | T | C | 7.9% | 206.5 / 2.9 | 72 | L134S (TTA→TCA) | tagG | teichoic acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/42); new base C (3/3); total (27/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGGTTCTTCATCAACCAAGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAACACTCGGTGTGTT > CP000730/711948‑712226 | gtgGTTCTTCACCAACCAAGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCtt < 1:163885/141‑1 (MQ=255) cttcATCAACCAAGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCttactttt < 1:262309/141‑1 (MQ=255) ttcATCAACCAAGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCttgctttta > 1:635026/1‑141 (MQ=255) catcaACCAAGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTGCACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCAGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCttacttttact > 2:603208/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTCACTTTTACTTGTGATAAt > 1:148314/1‑141 (MQ=255) aGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGAATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTCACTTTTACTTGTGATAAt > 1:544542/1‑141 (MQ=255) gTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGCCATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGTTAATTg > 1:446495/1‑141 (MQ=255) gTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTg > 1:97603/1‑141 (MQ=255) ttttAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGGCATATATTGTGACAAGTAAATTTTATGGACATTTAGGCGTACTTTTACTTTTGATATTTGCat > 2:241178/1‑141 (MQ=255) ttttAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGAat > 2:405974/1‑141 (MQ=255) ttAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCatgt < 1:435953/141‑1 (MQ=255) aGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCATGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGCCATTTAGGCTTACTTTTACTTTTGATAATTGCatgtat < 1:451499/141‑1 (MQ=255) aGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTTACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCatgtat < 2:522288/141‑1 (MQ=255) aGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCatgtat < 2:498154/141‑1 (MQ=255) aGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCatgtat < 2:122173/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCacgtatgt < 1:599307/141‑1 (MQ=255) aaGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATAGATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCatgtatgt < 1:487631/141‑1 (MQ=255) aGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGtt < 1:356449/141‑1 (MQ=255) aGGGACTAAAGCAATTACAAAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGtt < 2:668045/141‑1 (MQ=255) aCTAAAGGAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATAGAAAATGAACTTCCCTTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATGTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTGCt < 1:199047/141‑1 (MQ=255) aaaGCAATTACCCAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTAATTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTTGt < 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1:349180/141‑1 (MQ=255) aCCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCtt > 2:525073/1‑141 (MQ=255) atatTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCt < 2:62636/141‑1 (MQ=255) atTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCg < 1:603208/141‑1 (MQ=255) ttGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTTGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCGATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCgg < 1:459251/141‑1 (MQ=255) ttGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCgg < 1:682949/141‑1 (MQ=255) 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1:525073/141‑1 (MQ=255) tGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAac < 1:603677/141‑1 (MQ=255) tGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAac < 1:599022/141‑1 (MQ=255) tGGACATTTAGGCTCACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGTTATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAac < 2:544542/141‑1 (MQ=255) tGGACATTTAGGCTCACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAac < 2:673593/141‑1 (MQ=255) tGGACATTTAGGCTCACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAac < 2:148314/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAACACTCGGTGTgtt < 1:557341/141‑1 (MQ=255) | GTGGTTCTTCATCAACCAAGGTATTTTAGAAGGTACTAAAGCAATTACACAAAAGTTTAATCAAGTATCGAAAATGAACTTCCCGTTATCGATAATACCGACATATATTGTGACAAGTAGATTTTATGGACATTTAGGCTTACTTTTACTTGTGATAATTGCATGTATGTTTACTGGTATTTATCCATCAATACATATCATTCAATTATTGATATATGTACCGTTTTGTTTTTTCTTAACTGCCTCGGTGACGTTATTAACATCAACACTCGGTGTGTT > CP000730/711948‑712226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |