| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,438,346 | C→T | 6.2% | Q204* (CAG→TAG) | lysA2 → | diaminopimelate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,438,346 | 0 | C | T | 6.2% | 197.1 / 3.8 | 65 | Q204* (CAG→TAG) | lysA2 | diaminopimelate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/26); new base T (2/2); total (37/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
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CACACGAATTTATTCAAACTGGGCAAGAAGATAGTAAGTTTGGATTATCAATTCAATATGGCTTAGCTAAAAAAGCAATTGACAAAGTCCAACAATCTAAACACTTAAAATTAAAAGGTGTACATTGTCATATTGGTTCACAGATTGAAGGTACAGAAGCATTTATTGAAACTGCTAAAATTGTTTTACGTTGGCTTAAAGAGCAAGGCATTCAAGTTGAATTATTAAACCTTGGTGGTGGCTTTGGTATTAAATATGTTGAAGGTGACGAA > CP000730/1438206‑1438477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |