| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,186,126 | G→T | 7.1% | S12* (TCA→TAA) | fliA ← | DNA‑directed RNA polymerase sigma subunit FliA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,186,126 | 0 | G | T | 7.1% | 267.9 / 5.9 | 95 | S12* (TCA→TAA) | fliA | DNA‑directed RNA polymerase sigma subunit FliA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/44); new base T (5/3); total (47/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
ATGTGATTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAAGATTCGATTAAAAATAAA > CP000730/2185993‑2186264 | atgtgatTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTACTGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTCTAATCCATTGGTCAATTTGCTCAGGTTAAAtttg > 2:364984/1‑140 (MQ=255)atgtgatTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTc > 1:784921/1‑141 (MQ=255) tgatTGTCCTTTAGAATATTTCTCTGAAGAAAGCTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCAtt > 1:799923/1‑141 (MQ=255) tgatTGTCCTTTAGAATATTTATATGTCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCAtt < 2:707269/141‑1 (MQ=255) tgatTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTTGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTATTCCATTGTTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCAtt < 2:336592/141‑1 (MQ=255) tgatTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCAtt > 1:768680/1‑141 (MQ=255) gatTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTa < 1:562182/141‑1 (MQ=255) gatTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTa < 1:124538/141‑1 (MQ=255) atGTCCTTTAGAAAATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAAATAACTTATACCGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTAGTGTACTTTAATCAATTGATTAATTTGCTCAGGTGAAATTTAATTAGc > 2:340154/2‑141 (MQ=255) gTCCTTTAGAATATTTATATACCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTg > 1:492708/1‑141 (MQ=255) ccTCTAGGATATTTATGTGCAAATGACTCAATTAGTTTTTTGTCAAATTGAACTACCTTATCCTGTGCATCTGTATCCTTATTTTCTTGGTTTTCTTGACTCCATTTGTTAATTTGCTCATGTGAAATTTCATGAGCTGAt < 2:281161/141‑1 (MQ=255) cTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGCtt > 2:351060/1‑141 (MQ=255) cTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGAtt > 1:380323/1‑141 (MQ=255) ttAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCGGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTATTCCATTGGTTAATTTGCTGAGGTGCAATTTCATTAGCTGATTTc < 1:445416/141‑1 (MQ=255) aGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTCGCTGATTTctc > 2:68916/1‑139 (MQ=255) atatTTATATGACAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGActc < 1:682034/141‑1 (MQ=255) tttATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCttt < 2:475242/141‑1 (MQ=255) tataTGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCg < 1:501187/141‑1 (MQ=255) atatGCCAATGACTCTATTTGTTTTTGGTCATGTTTAACTACCTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCATGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGc < 2:243733/141‑1 (MQ=255) tatGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTGTTTCGcc > 1:412944/1‑141 (MQ=255) tatGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGcc < 2:660592/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAATTAGTTTTTTTTTTTTTTTTACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGTTTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCAc > 2:617820/1‑141 (MQ=255) tCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCAc > 2:611100/1‑141 (MQ=255) tCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCAc > 2:140187/1‑141 (MQ=255) aaTTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCt < 2:621258/141‑1 (MQ=255) ctttgtctgtgcttaTGTTTAACTAACTTATCCTGTCCATCTGTATTCTTATTTTTTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAACTTTCATTAGCTGATTTCGAGTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTg < 2:283695/127‑1 (MQ=255) tAGTTTTTGGTTATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGct < 2:522177/141‑1 (MQ=255) tAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGAATCTGTAGTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGct < 1:547831/141‑1 (MQ=255) ttttGGAAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGCAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCttt > 2:508977/1‑141 (MQ=255) ttGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCttttt > 1:462603/1‑141 (MQ=255) ttGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCttttt > 1:669997/1‑141 (MQ=255) ttGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTAATCttttt > 2:199503/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) actaactTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGt > 1:334076/1‑141 (MQ=255) aactTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCCTTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCACTTTTTTTATATGCTTAGTCAt > 2:114993/1‑141 (MQ=255) aactTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCAt < 1:284386/141‑1 (MQ=255) ttCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGa < 2:278883/140‑1 (MQ=255) aTCCTGTTCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGATTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGa < 2:291738/141‑1 (MQ=255) aTCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGa < 1:391491/141‑1 (MQ=255) ccTGTGCATTTGTTTTCTTATTTTCTTTGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTTGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGAtt < 2:787000/141‑1 (MQ=255) ccTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGAtt < 1:601737/141‑1 (MQ=255) ccTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGAtt < 1:88148/141‑1 (MQ=255) tgCATCTGTATTCTCATTTTCTTGGTGTTCTGTAATCCATTGGTTAATTTGATCAGGTGAAATATCATTAGCAGATTTCGCCTCTTTCGCCATTATTTCGAAACTGCTCTTTTTTTATATCTTTTGTCATACTTATTgcac > 2:102899/1‑138 (MQ=255) ttattcttATTCTTATTTTCTTTGTCTTCATTAAGCCTTTGGTTAATTTGCTCAGGTCAAATTTCATTAGCTGATTTCGACGCTTTTGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGCCATACTGATTGCcac < 2:232029/134‑1 (MQ=255) 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1:793176/1‑141 (MQ=255) ccATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATTTACTTTGACTTCATCCATTa > 2:702890/1‑141 (MQ=255) aTTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTaaa > 1:769232/1‑141 (MQ=255) gtGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTTTGACTTCATCCATTAAAg < 2:492708/140‑1 (MQ=255) ggTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAAGAt < 1:362679/141‑1 (MQ=255) aTTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAAGATTcagt > 2:647368/1‑138 (MQ=255) aTTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAAGATTCGAt > 1:384273/1‑141 (MQ=255) aTTTGCTCAAGTTAAATTTCATTAGCTGATTTAGACCCGGTCGCCATTATTTCGTCCCCATTGTTTATTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAAGATTCGAt > 2:170507/1‑141 (MQ=255) tttGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCAGACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAagattagatt > 1:804836/1‑141 (MQ=255) cTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATCCTGTGACTTCATCCATTAAAGATTCGATTaaaa > 2:631493/1‑141 (MQ=255) ggTGTAATTTCTTTAGTTTATTTCGACTTTTTCGCCATTATTTCTCACCTGCTCTTTTTTTATATATTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAAGATTCGATTAAAAATaa < 2:640333/141‑1 (MQ=255) gTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTTTTTATATACTGTGACTTCATCCATTGAGGTTTCGattaaaattaaa > 1:711000/1‑141 (MQ=255) | ATGTGATTGTCCTTTAGAATATTTATATGCCAATGACTCAATTAGTTTTTGGTAATGTTTAACTAACTTATCCTGTGCATCTGTATTCTTATTTTCTTGGTGTTCTTTAATCCATTGGTTAATTTGCTCAGGTGAAATTTCATTAGCTGATTTCGACTCTTTCGCCATTATTTCGCACCTGCTCTTTTTTTATATACTTAGTCATACTGATTGTCACACCAGATTCTTTATATACTGTGACTTCATCCATTAAAGATTCGATTAAAAATAAA > CP000730/2185993‑2186264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |