| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 110,651 | 0 | C | T | 10.5% | 292.7 / 21.4 | 120 | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/60); new base T (6/6); total (51/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
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2:371016/141‑1 (MQ=255) taAAGACGGA‑GATATTTCATACAATCCAGAGGTTCCGCGTTTCTGAAATCGCAATGGAGTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaaa < 1:584456/141‑1 (MQ=18) taAAGACGGA‑GATATTACATATAACCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaaa < 2:761968/141‑1 (MQ=255) aaGATGGA‑GATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAg > 1:794683/1‑141 (MQ=255) aaGATGGA‑GATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATGGTTAAAAg > 1:468979/1‑141 (MQ=255) aGACGGA‑GGTATATCCTATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATCAACTAACGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAgg < 2:316106/141‑1 (MQ=18) aGACGGA‑GATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAgg < 1:284730/141‑1 (MQ=255) aCGGA‑GATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGtt < 2:235961/141‑1 (MQ=255) | AAAAGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGA‑GATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTT > CP000730/110511‑110790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |