Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730512,6430AG50.0% ‑3.4 / 50.6 38intergenic (+711/‑150)recR/rrs1recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (8/11);  new base G (10/9);  total (18/20)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCA  >  CP000730/512507‑512773
                                                                                                                                        |                                                                                                                                  
gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                                >  1:310623/1‑141 (MQ=255)
              tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgaacggcaggtattgagtcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaactaat                                                                                                                  >  1:339050‑M1/100‑141 (MQ=255)
               gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                 <  1:98683/141‑1 (MQ=255)
                gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                <  1:401628‑M1/44‑1 (MQ=255)
                    gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                            >  1:348005/1‑141 (MQ=255)
                           gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCGACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                     <  1:122139/141‑1 (MQ=255)
                                 cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaag                                                                                               >  1:498634/1‑140 (MQ=255)
                                      cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                                          >  1:48815‑M1/76‑141 (MQ=255)
                                           tttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaa                                                                                     <  1:67601/141‑1 (MQ=255)
                                              tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTTAGAAGAATGAACATTGAAAAc                                                                                  >  1:254341‑M1/68‑141 (MQ=255)
                                                 tgttgtGGCAAACAAAACAACTCAACTTCAGAAATAACTTGAATTACTAACGAATATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                               >  1:321245/1‑141 (MQ=255)
                                                 tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                               >  1:426471/1‑141 (MQ=255)
                                                    agaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                            >  1:326587‑M1/62‑141 (MQ=255)
                                                     gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACACAATGa                                                                           <  1:389176‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                        cgttgccaggcagttttttaatcaaagtttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGACCATTGAAAACTGAATGACaa                                                                        >  1:301429‑M1/58‑141 (MQ=255)
                                                         gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                                       <  1:366408‑M1/85‑1 (MQ=255)
                                                         gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                                       <  1:234524‑M1/85‑1 (MQ=255)
                                                         gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                                       >  1:242780‑M1/57‑141 (MQ=255)
                                                          ttgccaggcagtttattaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTCAAAACAGAATGACAata                                                                      <  1:270745‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                                              caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                  <  1:473060‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                              caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                  <  1:133446‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                 gcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                               >  1:433411‑M1/49‑141 (MQ=255)
                                                                 acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAACATTCATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTGGGTAAGAAAAATGAACATTGACAAATGAATGACAATATGTCAAc                                                               >  1:218038/1‑141 (MQ=255)
                                                                 acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAACAATGAACATTGAAAACTTAATGACAATCTGTCGAc                                                               >  1:279017/1‑141 (MQ=255)
                                                                          ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTTAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                      <  1:371637/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAACTCCa                                                     >  1:338032‑M1/39‑141 (MQ=255)
                                                                            tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                    <  1:46341/141‑1 (MQ=255)
                                                                                  aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACACTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                              <  1:218321/141‑1 (MQ=255)
                                                                                      cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                          <  1:294054/141‑1 (MQ=255)
                                                                                      attGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                          <  1:250297/140‑1 (MQ=255)
                                                                                             tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTAATAAAATGTATAATTAAGTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATGGAAAACTGAATGACAATATTCCAAGGTTAATTGCAAAAAACGGAACTATCAGt                                   >  1:21702/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                 aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                               <  1:74913/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa                           <  1:470116‑M1/129‑1 (MQ=255)
                                                                                                         ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat                       >  1:156476/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACAATAAGTTACAAACCTTATTTAGTGTTTATg           >  1:43169/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       ttATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg         <  1:193786/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       ttATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGCCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTGTAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg         <  1:104438/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGCAAACTGAATGACAATATGTCAACGTGATGGGTTTAAAACGTTCCTCTAAGTTAGAAACATTATGTAGTGTTTATGAGc        >  1:233674/1‑141 (MQ=21)
                                                                                                                              cTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCa  <  1:376734/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                                  
GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCA  >  CP000730/512507‑512773

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: