| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,909,486:1 | +T | 100% | coding (293/303 nt) | USA300HOU_1771 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,909,486 | 1 | . | T | 68.6% | 155.6 / 76.3 | 70 | coding (293/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/10); new base T (28/20); total (40/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
TTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTT‑T‑ATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATG > CP000730/1909346‑1909620 | tttGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑gg < 1:196133/141‑1 (MQ=255) ttGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCCGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑t > 1:329821/1‑141 (MQ=255) ttGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGCTTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑t > 2:458280/1‑141 (MQ=255) ttGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGGACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑t > 1:278805/1‑141 (MQ=255) 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2:599058/1‑140 (MQ=255) tataATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGTAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑ttt‑tta < 2:215105/141‑3 (MQ=255) tataATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTTTTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑ttt‑tta > 1:59089/1‑139 (MQ=255) ataATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑ttt‑ttat > 2:379698/1‑138 (MQ=255) ttttttGCAGGTTGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGGAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTtt‑t‑attta < 2:373393/140‑1 (MQ=255) aTTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTtt‑t‑attta < 1:440064/141‑1 (MQ=255) 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< 1:48950/141‑1 (MQ=255) tCGTACATTC‑GGTTTT‑T‑ATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATa < 2:384205/141‑1 (MQ=255) tCGTACATTC‑GG‑TTA‑T‑ATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATaa < 1:754232/141‑1 (MQ=255) aTTC‑GGTTTT‑T‑ATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATg < 1:678526/141‑1 (MQ=255) | TTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTT‑T‑ATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATG > CP000730/1909346‑1909620 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |