New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =73 (1.120)54 (1.200)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
40/180 NT 51.7% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

Only 100 of 160 total aligned reads displayed.

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512480‑512759
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gtgacaccgctcccactggcgaacccagaaattaagctccttagcgtcgctggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgtttccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                             >  1:83222‑M1/141‑141 (MQ=255)
gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                             >  1:240745‑M1/141‑141 (MQ=255)
 gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTACGCAGTATGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAAAAAAACAACTAAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                            >  2:719204/1‑141 (MQ=255)
  cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa                                                                                                                                           <  2:721431‑M1/3‑1 (MQ=255)
   acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                          >  2:239248‑M1/138‑141 (MQ=255)
    cacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa                                                                                                                                         <  2:712056‑M1/5‑1 (MQ=255)
          gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                   <  1:702879/141‑1 (MQ=255)
            cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                 <  2:743887‑M1/13‑1 (MQ=255)
             ccatgccgaacacagaagttaagctcgttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcatttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacgagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:458583‑M1/128‑141 (MQ=255)
             ccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggctaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:346299‑M1/128‑141 (MQ=255)
             ccatcccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:500936‑M1/128‑141 (MQ=255)
             cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:149102/1‑141 (MQ=255)
              catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgtacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                               >  2:158679‑M1/127‑141 (MQ=255)
              catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttaagttacgctagagtagaaagttgccaggcagttttttactcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGATattgcct                                                                                                                               <  1:726823‑M1/15‑4 (MQ=255)
                tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                             <  1:673826‑M1/17‑1 (MQ=255)
                  ccgaacatagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaaa                                                                                                                           >  2:556959‑M1/123‑141 (MQ=255)
                   cgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                          <  2:672160‑M1/20‑1 (MQ=255)
                    cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTATTGCTTTTATCAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                         <  1:360759/141‑1 (MQ=255)
                       aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                      <  1:219641/141‑1 (MQ=255)
                        acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                     <  2:274126‑M1/25‑3 (MQ=255)
                           gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTATAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                  <  2:538555/141‑1 (MQ=255)
                           gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                  <  2:272071/141‑1 (MQ=255)
                               ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg                                                                                                              <  2:337068‑M1/32‑1 (MQ=255)
                                 aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                            >  1:430413‑M1/108‑141 (MQ=255)
                                 aagctcctcatcgtcgatgattaacgaactgacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                            >  2:726823‑M1/108‑141 (MQ=255)
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                                          agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaacataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTGTaattaatt                                                                                                   >  2:487245‑M1/99‑141 (MQ=255)
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                                            cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                 >  1:639669‑M1/97‑141 (MQ=255)
                                             aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                >  2:237254/1‑141 (MQ=255)
                                                cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTAAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                             >  1:502486/1‑141 (MQ=255)
                                                 atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                            <  2:213244‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                                 aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtcgtcg                                                                                            >  1:148747/1‑141 (MQ=255)
                                                      gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                       >  1:696739/1‑141 (MQ=255)
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                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGa                                                                                      >  1:67060/1‑141 (MQ=255)
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                                                                     atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                        >  1:654174/1‑141 (MQ=255)
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                                                                         tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                    >  1:200353‑M1/68‑141 (MQ=255)
                                                                         aagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                    >  2:425449‑M1/68‑141 (MQ=255)
                                                                            agtagaacgttgtcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATACTTGATTCTTGTCGGTAGGAAAAATCAACATTGAAAACTGa                                                                 <  1:536599‑M1/77‑1 (MQ=255)
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                                                                                gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                             <  1:310840‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                                                gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                             <  1:655700‑M1/81‑1 (MQ=255)
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                                                                                   cgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                          <  2:494416‑M1/84‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttggcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACCata                                                        <  1:546098‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                                                                          aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                   <  1:568638‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaaa                                                 >  2:516/1‑140 (MQ=255)
                                                                                            acaacTCAACGTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                 <  2:262615/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                              aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                               >  2:46560/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                   tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                          >  1:672160‑M1/42‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                                 ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTTGATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTGTAAGTTACAAACat            >  1:396885‑M1/12‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat            <  1:11490‑M1/130‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGGCAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAACCGTAACTATAAGTTACAAACat            >  1:141599/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                                           aAAAAACTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt  >  2:334150‑M1/2‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                           
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512480‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.