| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 665,392 | T→G | 100% | L79* (TTA→TGA) | iolS → | possible acetytransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 665,392 | 0 | T | G | 100.0% | 265.9 / NA | 79 | L79* (TTA→TGA) | iolS | possible acetytransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (39/40); total (39/40) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAAGA > CP000730/665257‑665527 | caacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAGTGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGGGAAGAATGATAtt > 2:174957/1‑141 (MQ=255) acaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGAGAAGAATGATATTTa > 2:320940/1‑141 (MQ=255) ttAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGGATGATATGTATCAg > 2:138813/1‑141 (MQ=255) tCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCa < 2:39394/141‑1 (MQ=255) cACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAGCTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCAt < 1:441465/141‑1 (MQ=255) cTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATCTTTATTAGCTCAtga > 2:167826/1‑139 (MQ=255) ttAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTTAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATGATGtt > 1:598144/1‑141 (MQ=255) ttAGAAGCTTCATATAATAAACATCGTTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTTAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAAATTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATAtt > 1:367829/1‑141 (MQ=255) tAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTa < 1:5841/141‑1 (MQ=255) aGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTaa < 1:524432/141‑1 (MQ=255) aaGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGGCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATGTTTATCAGCTCATTATGTTAAAc > 1:273325/1‑141 (MQ=255) acgtCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACTGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTCTGTTTAACCa < 2:464369/138‑1 (MQ=255) tatatAATGAACATCACTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTAGTACTCGTTAAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCCAACTTTATTTACGGTGACTAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAAt < 1:301402/140‑1 (MQ=255) tataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGGAGAATGATATTTATTCGCTCATTATGTTAAACCAGGATCg > 1:28614/1‑141 (MQ=255) tataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCg > 1:680848/1‑141 (MQ=255) ataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGc < 2:435134/141‑1 (MQ=255) aaTGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCaa < 2:74345/141‑1 (MQ=255) tGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACa < 2:580867/141‑1 (MQ=255) aaCATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTCAACCAGAATCGCAACATa < 2:100619/141‑1 (MQ=255) aCATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATAc > 1:455411/1‑141 (MQ=255) tcatTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGCTGCATGAGATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAgg > 1:357421/1‑141 (MQ=255) tcatTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAgg > 1:156412/1‑141 (MQ=255) tttAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACCCACAGGGTa > 1:744017/1‑141 (MQ=255) ttAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTAt < 1:123414/141‑1 (MQ=255) ttAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTAt < 1:29158/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATg < 2:751917/141‑1 (MQ=255) agaCTTCACGTACAATTTTGCTTAGTTGTTTCAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCGAACGTTATTTACGGTGAAGAATGAGATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCa < 2:396231/141‑1 (MQ=255) agaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCa > 1:570593/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCAtt > 1:321091/1‑141 (MQ=255) cTTCAAGCACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTg < 2:619985/141‑1 (MQ=255) ctCAAGAACAATTATTTTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTTGCTTTGCTAACTTTCTTTACGGTGAAGAATGTTATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGt < 2:165195/140‑1 (MQ=255) aGAACATTTATTCCTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTAGCTAACTTTATTTCCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTCAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTaaa < 2:331210/141‑1 (MQ=255) aGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTaaa > 1:659420/1‑141 (MQ=255) aaTTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAg > 1:148041/1‑141 (MQ=255) attattCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATTGTTGGCTTTGCTACCTTTATTGACGGTGAAGAATGATAGTTATCAGCTCATGACGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAgg > 2:417346/1‑141 (MQ=255) attattCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAgg > 2:304029/1‑141 (MQ=255) attCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGGGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGAtt < 2:2661/141‑1 (MQ=255) tAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTGAAATGAAGGATTATCAc > 1:613069/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGGTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAAt > 1:421016/1‑141 (MQ=255) taggccATCGTTGGCGTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAAttt < 2:167970/136‑1 (MQ=255) aaTGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGATGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTCACACGTTTTGAAGATAAAttt > 2:327809/1‑141 (MQ=255) aTGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTg < 1:457364/141‑1 (MQ=255) tGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGa < 2:18868/141‑1 (MQ=255) tGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGa < 2:18854/141‑1 (MQ=255) gACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTCTTTACGGTGAAGAATGCTATTTCTCAGCTCATTACGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAGATGAAGGATTATCCCGTTTTGCAAATAAATTTGaa > 2:173175/1‑141 (MQ=255) gACATCGTTGGCTGTGCTAACGTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATCAATTTGaa > 2:181196/1‑141 (MQ=255) aTCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTGTGAAGATAAATTTGAAGgt < 1:402052/141‑1 (MQ=255) tCGTTGGCTTTGCTAACTTCATTTACGGTGAAGGATGATATTTATCAGCGCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGACATGGCACCGCCAAGCAAAATGAAGGATTATCACGTAATAAAGATAAATTTGAAggcg > 2:414317/1‑139 (MQ=255) cTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACtt < 2:165454/141‑1 (MQ=255) cTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACtt > 1:654259/1‑141 (MQ=255) cTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACtt < 1:263362/141‑1 (MQ=255) cTTTGCTAACTTTATTTAAGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACtt < 2:190923/141‑1 (MQ=255) cTTGGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACtt < 2:165490/141‑1 (MQ=255) ttGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAg > 2:467404/1‑141 (MQ=255) gCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGaa < 2:357421/141‑1 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1:733554/1‑141 (MQ=255) tttatttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGat < 2:455411/141‑1 (MQ=255) atttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGataat < 1:264109/141‑1 (MQ=255) tttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGataata < 2:680848/141‑1 (MQ=255) tttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGataata > 2:591362/1‑141 (MQ=255) taCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaa > 2:130865/1‑141 (MQ=255) taCGGTGAAGAATGATATTAATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaa > 1:455305/1‑141 (MQ=255) cGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaaaa > 1:507755/1‑141 (MQ=255) ggTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTCAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTTCAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGACGGTGTTTACTTGGAAGTAGataatggtaat > 2:576748/1‑135 (MQ=255) ggTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTGTGGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAAt > 1:433117/1‑141 (MQ=255) gaagaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaa < 1:722806/141‑1 (MQ=255) aagaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTCAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGCTAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaag < 1:430392/141‑1 (MQ=255) agaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaaga < 1:646258/141‑1 (MQ=255) | CAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAAGA > CP000730/665257‑665527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |