| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,685,149 | T→A | 5.3% | intergenic (‑161/+59) | nfeD ← / ← rpsU | hypothetical membrane protein/ribosomal protein S21 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,685,149 | 0 | T | A | 5.3% | 202.9 / 2.4 | 69 | intergenic (‑161/+59) | nfeD/rpsU | hypothetical membrane protein/ribosomal protein S21 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/36); new base A (2/2); total (31/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
TTAATTATACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGTTTAC > CP000730/1685009‑1685287 | ttaattaTACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACt < 1:279088/141‑1 (MQ=255) taattaTACATGAAATTGAAGATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACtt < 1:242116/141‑1 (MQ=255) ttaTACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 1:578507/141‑1 (MQ=255) ttaTACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg < 1:252428/141‑1 (MQ=255) 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1:596206/1‑141 (MQ=255) cTATCTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTTAGGGAGTCAACAGTGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGtt < 1:614542/141‑1 (MQ=255) cTAACTTGTTATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGtt < 2:482214/141‑1 (MQ=255) cTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGtt > 1:277305/1‑141 (MQ=255) aCTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGTTTAc > 1:167850/1‑141 (MQ=255) | TTAATTATACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGTTTAC > CP000730/1685009‑1685287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |