| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,028,269 | G→C | 100% | P126A (CCA→GCA) | yvqF ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,028,269 | 0 | G | C | 95.6% | 217.0 / 1.2 | 67 | P126A (CCA→GCA) | yvqF | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (26/38); total (26/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAAC > CP000730/2028134‑2028402 | ccTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATATACTGCTGTAc < 1:551303/141‑1 (MQ=255) gCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGtt > 2:71853/1‑141 (MQ=255) cACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTg < 1:387145/141‑1 (MQ=255) aCTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGc < 2:278177/141‑1 (MQ=255) aCTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGc > 2:38416/1‑141 (MQ=255) aaaTGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAAcc < 1:651685/141‑1 (MQ=255) aaTGTGTCTAACAACAGTGGTATTATTTTCCTTAATATCTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTAATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCa > 1:421657/1‑141 (MQ=255) aaTGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCa < 2:511250/141‑1 (MQ=255) tgtCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACttt < 2:139040/141‑1 (MQ=255) tCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGTTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTTCGTTGCTCACCAAACCACTTTTg < 2:544085/141‑1 (MQ=255) acaacaATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTta < 2:738289/141‑1 (MQ=255) caacaaTGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAACTAACTATCTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTtaa < 1:745764/141‑1 (MQ=255) tGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGACAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAg < 2:283605/141‑1 (MQ=255) tGGTATTATTTTCCAGAATTTTTGCCGGTTTTGTTAAGTTAATATGTAGGTCGCCAATTTCATGTTGAATTTGTACATCTTCCAACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTATCCAAACTAATTTTGTTTaaagaaag < 2:107848/141‑1 (MQ=255) ggTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGACAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGa < 1:64296/141‑1 (MQ=255) gTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGAt < 1:487661/141‑1 (MQ=255) attTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGCTGGTGa > 2:187347/1‑141 (MQ=255) tCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTc > 2:358391/1‑141 (MQ=255) tGCAGCTTTTGTTCAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATc < 2:548217/141‑1 (MQ=255) gCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTGATAACCTCATcc > 2:308476/1‑141 (MQ=255) gCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATcc > 2:762952/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAGTCAATATGTAGGTCGGCAATTCCATGTTGAATTTGTACACCTTCCCTCTTATATACCTAAACTGCCGTACGTTGCTCCCCAACCCCCTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCCacta < 2:503309/141‑1 (MQ=255) tAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGTATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAactac < 2:424284/141‑1 (MQ=255) tAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAactac < 2:12224/141‑1 (MQ=255) aaGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAactact < 1:102019/141‑1 (MQ=255) gTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACttt > 1:663826/1‑141 (MQ=255) gTCAATATGTAGGTAGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACttt > 2:516639/1‑141 (MQ=255) tCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACtttt < 1:760655/141‑1 (MQ=255) aaTATGTAGGGCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACtttttt < 2:373154/141‑1 (MQ=255) tatGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTg > 1:306395/1‑141 (MQ=255) tatGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTGTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGCCATAACCTCCTCCGTCGCaacaacgctctctg > 2:114515/1‑133 (MQ=255) gTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGtt < 2:273911/141‑1 (MQ=255) gTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGtt < 2:397344/141‑1 (MQ=255) aGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGCCGCAACTACTTTTTTTGGTTTa > 1:592021/1‑141 (MQ=255) aGGTCGCCAAGTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTCTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGACGCTACTATTTTTTTTTGTTTa < 2:7154/141‑1 (MQ=255) cAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCACCTACTTTTTTTGGTTTAAACTtgt > 1:44472/1‑141 (MQ=255) ttCCATGTTGAATTTTTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTa < 2:78525/141‑1 (MQ=255) ccATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTAtt < 2:13547/141‑1 (MQ=255) cATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATCCATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGTTGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTa < 2:215198/141‑1 (MQ=255) aTGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAACCCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGAAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTTTTTATTaa > 2:690128/1‑141 (MQ=255) aTGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTaa > 2:231323/1‑141 (MQ=255) gTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAAt > 2:337837/1‑141 (MQ=255) gTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAAt < 1:683820/141‑1 (MQ=255) aTTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATTGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGc < 1:477123/141‑1 (MQ=255) aTTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTACACTTGTGTATTAAATAACGc < 2:7315/141‑1 (MQ=255) ttGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGcac < 1:762952/141‑1 (MQ=255) tACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAAt > 1:60650/1‑141 (MQ=255) tACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAAt < 1:49854/141‑1 (MQ=255) tctcCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTCGCTCACCAAACCACTATAGCTAAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTCCTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGt < 2:414662/141‑1 (MQ=255) tCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGt < 1:657581/141‑1 (MQ=255) cctCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGta < 1:253224/139‑1 (MQ=255) ttCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGtaa < 1:746785/141‑1 (MQ=255) ttCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGtaa < 1:358391/141‑1 (MQ=255) ccACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGtaataa < 2:295999/141‑1 (MQ=255) cACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTATTACATAACGCACAATACGtaatact > 1:27370/1‑139 (MQ=255) ataCATGATCTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGa < 2:453422/141‑1 (MQ=255) ataCAGAAACTGCTGGACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACTTCATCCGTCGCAACTTCTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTCTTCGGTCTCTCACAATAAGTAATAATAAAAAGa < 1:181200/141‑1 (MQ=255) taCATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTATGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATACGAAATAATAAAAAGAc < 1:421050/141‑1 (MQ=255) aCATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTGGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCCCAATAATTAATAATAAAAACACg > 2:668377/1‑141 (MQ=255) cATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGa > 1:742602/1‑141 (MQ=255) tacaCTGCTGTACGATGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAAc < 1:71853/138‑1 (MQ=255) | CCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAAC > CP000730/2028134‑2028402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |