| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 195,286 | T→A | 100% | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 100.0% | 197.4 / ‑6.5 | 60 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (21/37); minor base C (1/0); total (23/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGA > CP000730/195153‑195420 | ttCTAGCTACACTTGCTACGACAGATGCTTTATCCATAATGATAGCCCTCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaaaaaa < 1:580220/141‑1 (MQ=255) cTAGCTAAACTTGCTACGACCGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAata > 1:479285/1‑141 (MQ=255) cTAAACTTTCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATTTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 2:305933/141‑1 (MQ=255) aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCTTAatt > 2:169866/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 1:238109/141‑1 (MQ=255) tCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa > 2:6616/1‑141 (MQ=255) tCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATAACTTAATATCCTTGTAATCAGATa > 2:386147/1‑141 (MQ=255) cTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATaa > 1:652219/1‑141 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAt > 2:84659/1‑141 (MQ=255) tAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAatat > 1:531197/1‑141 (MQ=255) aaGCCCCCTATATATATGTTCATTGACATATACCCTAACATGATTTTTATACTATTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATGTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAatat < 2:154909/140‑1 (MQ=255) cccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 1:128175/1‑141 (MQ=255) ctattatacataTGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:448491/137‑1 (MQ=255) cgccgatactgcaatttattgaCTACCACCATCACAAGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTCATGTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATTCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 1:545785/127‑1 (MQ=255) cctcTATAGCTATGTTTATTTACTTATACCCTTACATTATTTGTATGCTATTTGAAAATATAGTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATAGCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:489089/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aatgacaCCCTAACATGATCTTTATAATCTTGGAAAATATATTTTACAGAATTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 2:138955/135‑1 (MQ=255) aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCCACCATTGTTATAGGAGGt > 1:337908/1‑141 (MQ=255) cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTc < 1:760283/141‑1 (MQ=255) cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTc < 1:27012/141‑1 (MQ=255) ttATACCCTAATATGATTTTTATTCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAAAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:444417/141‑1 (MQ=255) ttATAACCTAACATGATTTTTATAATCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATAAAAAAATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 2:719829/141‑1 (MQ=255) taCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCttat < 1:621561/141‑1 (MQ=255) cccTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCttatta > 1:763280/1‑141 (MQ=255) ttacatttttgttATACTTTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATAATAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATGTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTGATTAATg < 2:276394/130‑1 (MQ=255) tAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAATTTTAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATg < 1:552598/141‑1 (MQ=255) tAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAATTTGTATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATg < 1:552500/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAttt > 2:656085/1‑141 (MQ=255) ttttATAATCTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAttt < 2:228578/141‑1 (MQ=255) tataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTtta < 1:6616/141‑1 (MQ=255) taCTCTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatt < 1:23418/141‑1 (MQ=255) aatctTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta < 2:23264/139‑1 (MQ=255) atccttGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCAAAAAATAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAg < 2:534366/137‑1 (MQ=255) aataaataTTACAAAATTTTATCTAAATATTAAAAAATATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa < 2:143639/141‑1 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:65176/1‑141 (MQ=255) tatatTTTACAGAATTTTAACTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 2:444728/141‑1 (MQ=255) ttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTTTTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAt > 2:429959/1‑141 (MQ=255) atatttttttAGATAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 2:153833/135‑1 (MQ=255) aGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTg < 1:311523/141‑1 (MQ=255) gAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGc < 1:617295/141‑1 (MQ=255) tATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCTACTTTTTTTATAGGAGGTCTTATTAATGATATTATTTTTATTAGAAGCTAATAATCTTGATTTTGCTTctat > 2:267289/1‑138 (MQ=255) tATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAAc > 1:405758/1‑141 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa < 2:763280/141‑1 (MQ=255) aaTATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaaga > 1:280419/1‑141 (MQ=255) | TTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGA > CP000730/195153‑195420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |