| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,909,486:1 | +T | 100% | coding (293/303 nt) | USA300HOU_1771 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,909,486 | 1 | . | T | 100.0% | 194.0 / ‑6.5 | 63 | G98V (GGT→GTT) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); major base T (28/33); minor base A (0/1); total (28/35) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑T‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGC > CP000730/1909347‑1909621 | ttGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATGAAATCACGAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t < 1:113873/141‑1 (MQ=255)gtGTCTATAATTTTTGCAGGTCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t < 2:211608/140‑1 (MQ=255) tataATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGTCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGGCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t‑tttta < 2:366759/141‑3 (MQ=255) taATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑t‑ttttatt > 1:5796/1‑137 (MQ=255) 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2:43809/141‑1 (MQ=255) ttttAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaa > 1:477231/1‑141 (MQ=255) ttAGTACATATCTTTTCACGTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTTTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATATTATAACGTTGTTGCGTATaaaa < 2:379224/141‑1 (MQ=255) ttAGTACATATCTTTTAAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaaaa < 1:21536/141‑1 (MQ=255) gTACATATCTTTTCTATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAat > 1:565534/1‑141 (MQ=255) gcacatCTTTCGAAGTGGTCGGACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAatat < 1:820585/137‑1 (MQ=255) 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1:270284/1‑141 (MQ=255) tttCAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGAtttt < 1:864816/141‑1 (MQ=255) cAATTGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGa > 2:243175/1‑141 (MQ=255) ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt > 1:285093/1‑141 (MQ=255) ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt < 1:293950/141‑1 (MQ=255) ttGTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt > 2:752290/1‑141 (MQ=255) 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2:64560/1‑141 (MQ=255) gTTCGTACATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCAAGCTATAATGAGTAAAAAAATTTGATAACGTGGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCa > 2:115143/1‑141 (MQ=255) cATTCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTAACATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTACGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAAatat > 2:654804/1‑141 (MQ=255) ttCGGTT‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGc < 1:243175/141‑1 (MQ=255) | TTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCGG‑T‑TTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGC > CP000730/1909347‑1909621 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |