| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 396,540 | G→A | 100% | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 → | possible lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 396,540 | 0 | G | A | 100.0% | 218.8 / ‑6.5 | 71 | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 | possible lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/23); minor base C (1/0); total (48/23) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCA > CP000730/396403‑396677 | cATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAAGTAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGATCGTTGAAGGCacac < 2:588545/141‑1 (MQ=255) atCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAtt > 1:726062/1‑141 (MQ=255) cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAtttt > 2:96733/1‑140 (MQ=255) cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTCTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGACCACAAAAAATTTa > 2:679482/1‑141 (MQ=255) aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGAACTATTAAATGAAGTTGCTACTTCTAAAATCACAGGAGAGGAAGAAATTTATTCACATACAGGTGTATATGATTATAAAGCGAACGTTGAATGCAGCCAAAAAATTTAt > 2:635242/1‑141 (MQ=255) aCCAAAATTAATTCTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAACTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATCCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa < 1:792307/141‑1 (MQ=255) cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt > 1:381602/1‑141 (MQ=255) cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 2:508119/141‑1 (MQ=255) aaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa > 2:372463/1‑141 (MQ=255) aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:424885/141‑1 (MQ=255) aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:689230/141‑1 (MQ=255) tGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAc > 2:800480/1‑141 (MQ=255) gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAct > 2:657598/1‑140 (MQ=255) aaGGTTCTGTTGACTTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAttt < 2:756888/141‑1 (MQ=255) ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAAGGCGCAAGTCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa > 1:586060/1‑141 (MQ=255) ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATGTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa > 1:495961/1‑141 (MQ=255) tCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTaaaa > 2:193474/1‑138 (MQ=255) gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTTTAAAATAACAAGTAAAGAAAAAATTTATACACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCAAATAAAAAGaaaaaa < 2:486875/141‑1 (MQ=255) ccTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGa < 1:43449/141‑1 (MQ=255) aTGAAGTTGCAACTTCTAAAATAACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAt < 1:423626/141‑1 (MQ=255) aTGAAATTGCAACCTCTAAAATCCCAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAt < 1:543261/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATATATGCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATc < 1:655936/141‑1 (MQ=255) cTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATcc > 1:26323/1‑141 (MQ=255) aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa > 2:35313/1‑141 (MQ=255) aaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaag > 1:220364/1‑140 (MQ=255) cacaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAGAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATGTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAATGATAATATACAAATGaa > 2:665505/1‑141 (MQ=255) cacaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGaa > 2:774704/1‑141 (MQ=255) acaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAAc > 2:553271/1‑141 (MQ=255) aaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAAAAATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTAAAGGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACt < 2:161386/140‑1 (MQ=255) gTGCAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCg > 1:737019/1‑141 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTAGa > 2:807114/1‑141 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATATTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGGGAAAAAAGATAAAAAATAAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGa > 2:143232/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATc > 2:110853/1‑141 (MQ=255) tATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa > 1:281424/1‑141 (MQ=255) aTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAat > 2:777780/1‑141 (MQ=255) acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTACACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATTAAATGACTCAattagt > 2:623865/1‑139 (MQ=255) caTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATGATTg > 1:244706/1‑141 (MQ=255) aacaCAGATTTATAAGATTTTAAAACGAAATTAGAACGCACAAAAAAAATTTATGATTTATTTAAACCTATTCTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTTAATCAATTATTg < 2:239348/138‑1 (MQ=255) gATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATaaa > 2:705981/1‑141 (MQ=255) aTTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAat > 2:861960/1‑141 (MQ=255) tataTGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAACAATTATTCCTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCACTTATTGGATAAAtata > 1:379124/1‑141 (MQ=255) tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa > 1:143635/1‑141 (MQ=255) tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa > 1:309035/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCCATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 2:834041/141‑1 (MQ=255) gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggc > 1:711441/1‑141 (MQ=255) aaCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGGTAAAAATAAAGATAACAACGGCGGt < 2:397342/141‑1 (MQ=255) cggtGAAGGCAAACATAAAATTTATGACTTATTTAAACTTGTTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa < 2:514334/138‑1 (MQ=255) gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATAATTGAATAAATATAAAGATATCAACGGCGGTTaa > 2:622830/1‑140 (MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 2:824539/1‑141 (MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGCCGTTTATg > 2:189840/1‑141 (MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAAATATATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACATCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 1:482865/1‑141 (MQ=255) tGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGa > 1:824131/1‑141 (MQ=255) gAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAg < 2:381602/141‑1 (MQ=255) ggCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCa < 1:132364/141‑1 (MQ=255) | CATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCA > CP000730/396403‑396677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |