| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 535,338 | A→T | 5.3% | intergenic (+4909/‑816) | veg → / → rplY | hypothetical protein/ribosomal protein L25 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 535,338 | 0 | A | T | 5.3% | 234.0 / 4.0 | 78 | intergenic (+4909/‑816) | veg/rplY | hypothetical protein/ribosomal protein L25 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/36); new base T (2/2); total (39/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
AGTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTCTTTGATA > CP000730/535198‑535477 | agTATTCTGGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCAGATCCTGGGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGa < 2:99012/141‑1 (MQ=255)agTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGa < 1:742206/141‑1 (MQ=255)agTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATACTGTAGTGCCATATTATGGa < 1:388355/141‑1 (MQ=255) gTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATCTTGTAGTGCCCTATTATGGaa > 2:171916/1‑140 (MQ=255) 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1:727812/1‑141 (MQ=255) tgatGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGgcgc < 1:489753/141‑1 (MQ=255) tgatGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAAACACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACCGCTGgcgc < 2:328027/141‑1 (MQ=255) gatGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCa > 1:464839/1‑141 (MQ=255) gatGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCa > 1:315037/1‑141 (MQ=255) atGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTAGGGCTATGCAAGACACGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAAGCACTGCTAAATTAGATGCACACGTAATCGAAACAGCTGGCGCag > 2:148646/1‑140 (MQ=255) 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1:635587/1‑139 (MQ=255) cgcagcaACAATTAATATTGTTGGGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTTCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGa < 1:389582/140‑1 (MQ=255) cagcaACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGa > 2:782957/1‑106 (MQ=255) cagcaACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGa < 1:782957/106‑1 (MQ=255) cagcaACAATCAATACTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGa < 1:782954/106‑1 (MQ=255) cagcaACAATCAATACTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGa > 2:782954/1‑106 (MQ=255) gcaACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTa > 1:802542/1‑141 (MQ=255) 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2:31172/1‑141 (MQ=255) gATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTCTTTGata > 2:856702/1‑141 (MQ=255) gATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTATTTGata > 1:791073/1‑141 (MQ=255) gATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGAGTCTGTGata > 1:109796/1‑141 (MQ=255) | AGTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTCTTTGATA > CP000730/535198‑535477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |