| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,852,714 | G→T | 8.4% | intergenic (+68/‑170) | USA300HOU_2695 → / → 2486 | hypothetical protein/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,852,714 | 0 | G | T | 8.4% | 235.6 / 3.1 | 83 | intergenic (+68/‑170) | USA300HOU_2695/2486 | hypothetical protein/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/33); new base T (5/3); total (46/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAATGCCATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAATA > CP000730/2852574‑2852851 | aaaTGACATTCACATCCCACTTCATGCGTGTAAAATTGAAGACATCTCTCTCATATTAAAAAATTGAAAATAAATATTTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTg < 2:413765/141‑1 (MQ=255) aaTGCCATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGa > 1:99199/1‑141 (MQ=255) tGCCATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAAt < 2:799894/141‑1 (MQ=255) ccATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAAttt > 1:104188/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTTTTTTTAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTAAAAGATAAAAAAAAAATAACTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg < 2:620828/141‑1 (MQ=255) aCTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg > 1:495900/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg > 1:752121/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTTCAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg < 2:509669/141‑1 (MQ=255) tttGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCTATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAata < 2:819867/141‑1 (MQ=255) tttGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTACTTTTATATTTAGTTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAata > 1:445512/1‑141 (MQ=255) | AAATGCCATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAATA > CP000730/2852574‑2852851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |