Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,761,889 | 0 | C | A | 75.4% | 110.8 / 45.0 | 66 | D388Y (GAT→TAT) | folC | tetrahydrofolate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/10); new base A (28/21); total (35/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATTCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTCCG > CP000730/1761751‑1762028 | aTTCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCAtata > 2:936204/1‑141 (MQ=255) cATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAAtt > 2:749339/1‑141 (MQ=255) cTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTAtt > 2:751259/1‑141 (MQ=255) tATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTAttt < 2:248157/141‑1 (MQ=255) tATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTAttt < 1:67394/141‑1 (MQ=255) tttagttttagtTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTtcat < 1:952183/141‑1 (MQ=255) tttagttttagtTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcat < 1:596557/141‑1 (MQ=255) agttttagttttATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTcatcat > 1:933577/1‑141 (MQ=255) gttttagttttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCAtt < 1:707762/141‑1 (MQ=255) ttttagttttaTAATGCTTCAAAGTTTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCAttt < 2:258182/141‑1 (MQ=255) tttagttttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCAtttt < 2:969705/141‑1 (MQ=255) tataATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtacta > 1:607788/1‑141 (MQ=255) taATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacc < 2:542807/141‑1 (MQ=255) gCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACa > 2:432270/1‑141 (MQ=255) gCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACa > 1:93485/1‑141 (MQ=255) cTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACaa > 1:551491/1‑141 (MQ=255) cAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAttt < 2:109352/141‑1 (MQ=255) aaaGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttc < 2:474708/141‑1 (MQ=255) gTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttcttc < 2:685108/141‑1 (MQ=255) tAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCttt > 1:754753/1‑141 (MQ=255) gATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAAc > 1:77689/1‑141 (MQ=255) tttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGc > 1:211567/1‑141 (MQ=255) tttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGc < 1:658677/141‑1 (MQ=255) ttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCt < 2:233190/141‑1 (MQ=255) ttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCt < 2:731840/141‑1 (MQ=255) tAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACATACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCtt > 1:770215/1‑141 (MQ=255) cACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGaa < 1:660749/141‑1 (MQ=255) cTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGaaaa < 2:900743/141‑1 (MQ=255) aTGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCa > 2:292855/1‑141 (MQ=255) gAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCaaa < 2:55086/141‑1 (MQ=255) gAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCaaa < 2:596002/141‑1 (MQ=255) gAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCaaa > 2:68203/1‑141 (MQ=255) aaaTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAAt < 1:304642/141‑1 (MQ=255) tACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCa > 1:955100/1‑141 (MQ=255) cAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGt > 2:576560/1‑141 (MQ=255) aGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGtt < 1:10507/141‑1 (MQ=255) aCTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTTATCGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc > 2:497850/1‑141 (MQ=255) tcccGGTAACTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCAt < 2:174877/139‑1 (MQ=255) tACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCAt < 1:968729/141‑1 (MQ=255) tACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCAt < 1:172733/141‑1 (MQ=255) cGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATaaa > 1:626560/1‑141 (MQ=255) aaTTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCTTTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAACACGt > 2:230394/1‑141 (MQ=255) cTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATgcg > 1:114698/1‑141 (MQ=255) aaTGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCa > 2:335958/1‑141 (MQ=255) tGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAAt < 2:791064/141‑1 (MQ=255) tATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTa > 2:151715/1‑141 (MQ=255) aTCACCTTGATAATTTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTa < 2:705755/141‑1 (MQ=255) aCCTTGATAA‑TTTTTTATAATTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt > 2:624071/1‑141 (MQ=255) aCCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt < 2:655691/141‑1 (MQ=255) aCCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt > 1:640129/1‑141 (MQ=255) ccTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACtt < 2:113623/141‑1 (MQ=255) cTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTa > 2:19530/1‑141 (MQ=255) tGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTaaa < 1:71661/141‑1 (MQ=255) tgaatttataaaaaaTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAATGCTTTCGTAAAAGCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATg > 1:533572/13‑141 (MQ=255) a‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGttt > 2:443097/1‑141 (MQ=255) tttATAACTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGAcc > 1:274813/1‑141 (MQ=255) tataAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCCAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCaa > 2:733199/1‑140 (MQ=255) tataAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAt < 1:648268/141‑1 (MQ=255) ctgaaTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtc < 1:918630/138‑1 (MQ=255) ataAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtc > 1:830991/1‑141 (MQ=255) ataAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTCCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtc > 1:831003/1‑141 (MQ=255) taAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtct > 1:94649/1‑141 (MQ=255) tttttttcGTAGTCATGTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGATAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACTATCTCg > 2:568585/8‑141 (MQ=255) aCGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATc > 2:44666/1‑141 (MQ=255) gTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCgg > 2:38518/1‑141 (MQ=255) aGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGtt > 2:151688/1‑141 (MQ=255) tCTACTGATTGTATTTCATCATTTTCAACACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTCCg < 2:50496/141‑1 (MQ=255) | ATTCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAA‑TTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTCCG > CP000730/1761751‑1762028 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |