| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,797,772 | 0 | G | C | 22.4% | 187.5 / 47.9 | 76 | R7G (CGC→GGC) | phoR | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/34); new base C (9/8); total (34/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAATAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTCTTG > CP000730/1797633‑1797911 | aaataaatATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCgg < 1:60527/141‑1 (MQ=255)aaataaatATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCgg < 2:87407/141‑1 (MQ=255) taaataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTCATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgtgg < 2:763189/141‑1 (MQ=255) aaataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCggtggt < 1:925003/141‑1 (MQ=255) tatatGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGaa < 1:442296/141‑1 (MQ=255) atatGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGaaa > 1:382671/1‑141 (MQ=255) atatGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGaaa > 1:382658/1‑141 (MQ=255) tatGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGGTAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAAc < 2:479663/141‑1 (MQ=255) tatGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAAc < 2:384697/141‑1 (MQ=255) atGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACt > 2:250515/1‑141 (MQ=255) gATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTtc < 2:199968/141‑1 (MQ=255) aTCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTtca < 1:61781/141‑1 (MQ=255) aTCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTtca > 1:22715/1‑141 (MQ=255) cTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTtcatc < 2:346834/141‑1 (MQ=255) ttGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTtcatca < 2:496413/141‑1 (MQ=255) gCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCAtt < 2:581168/141‑1 (MQ=255) gCATCTGTGGCTAGAGCTTGTTCTTTTTTTTCTGAGAAAACACGTGCGAGGTATTCTTGAATAATGATGCCTA‑‑ATGTATCAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCAtt < 1:734598/141‑1 (MQ=255) aTCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGt < 1:622668/141‑1 (MQ=255) tCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATATTACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGtt > 2:237505/1‑141 (MQ=255) ttGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTTTTCttt > 1:94323/1‑141 (MQ=255) tGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTa > 2:766256/1‑141 (MQ=255) cTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAgg > 1:241954/1‑141 (MQ=255) tAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGt < 1:643153/141‑1 (MQ=255) tAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTAATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGt < 2:591798/141‑1 (MQ=255) agagCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATCACCTTCAGCGGCGGTTAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTc < 2:43296/141‑1 (MQ=255) gagCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCt < 1:637374/141‑1 (MQ=255) agCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCtt < 1:47834/141‑1 (MQ=255) cTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTc < 1:361748/141‑1 (MQ=255) ttGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATATGTAACAATACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATATCATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCttt < 1:101175/141‑1 (MQ=255) ttGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTcc < 1:131952/141‑1 (MQ=255) ttGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTcc > 2:763104/1‑141 (MQ=255) tGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCATGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCa < 1:138916/141‑1 (MQ=255) gTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGAGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCaa < 1:892076/141‑1 (MQ=255) tCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCACtt > 1:279278/1‑141 (MQ=255) cGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAAttt > 1:438917/1‑141 (MQ=255) tatttatatGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCAc > 2:764628/6‑141 (MQ=255) aaaCATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACg > 2:48797/1‑141 (MQ=255) 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1:29243/1‑141 (MQ=255) gtgATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGttt < 2:4094/141‑1 (MQ=255) gtgATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGttt > 2:144293/1‑141 (MQ=255) gtgATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGttt > 2:664474/1‑141 (MQ=255) gATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTta < 1:779187/141‑1 (MQ=255) ggAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTtaata > 1:206087/1‑141 (MQ=255) aGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGt > 2:461970/1‑141 (MQ=255) gAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTgg < 1:182414/141‑1 (MQ=255) tGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAgg > 2:137398/1‑141 (MQ=255) gCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGa < 1:846504/141‑1 (MQ=255) cTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGAtt < 1:608850/141‑1 (MQ=255) cTA‑‑ATGTAAAAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGAtt > 1:867748/1‑141 (MQ=255) tA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTa > 1:870908/1‑141 (MQ=255) tA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTa > 1:559680/1‑141 (MQ=255) aaCAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTAtcttct < 2:107052/141‑1 (MQ=255) cAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTaa < 1:250515/141‑1 (MQ=255) aaaaCTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAAATTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTACGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAAt > 2:330871/1‑141 (MQ=255) aaCTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAAttt > 2:334528/1‑141 (MQ=255) aaCTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAAttt > 1:694745/1‑141 (MQ=255) cTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAt > 2:774308/1‑141 (MQ=255) tGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAtc > 1:453584/1‑141 (MQ=255) gATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAtct > 1:41051/1‑141 (MQ=255) aTAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAtctc > 2:650288/1‑141 (MQ=255) aTAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAtctc < 2:919615/141‑1 (MQ=255) ttaatATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTaa < 2:514767/141‑1 (MQ=255) atatACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATg < 1:342041/141‑1 (MQ=255) tataCTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGa < 2:746161/141‑1 (MQ=255) tataCTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGa < 2:22715/141‑1 (MQ=255) tATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGt > 2:95757/1‑141 (MQ=255) aaTAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACAt < 2:318061/141‑1 (MQ=255) tAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATca < 2:434152/141‑1 (MQ=255) tAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATca < 2:475805/141‑1 (MQ=255) aaCATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATcaa < 2:343529/141‑1 (MQ=255) aCATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATcaac < 2:241954/141‑1 (MQ=255) aTTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATcaacaa > 1:587622/1‑141 (MQ=255) aTTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATaaacaa > 1:777393/1‑141 (MQ=255) tAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAAtt > 1:824293/1‑141 (MQ=255) cGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTCTTg < 2:438917/141‑1 (MQ=255) | AAATAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTA‑‑ATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTCTTG > CP000730/1797633‑1797911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |