| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,909,486 | 1 | . | T | 75.4% | 171.1 / 58.1 | 65 | coding (293/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/9); new base T (27/22); total (34/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑T‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGCA > CP000730/1909346‑1909622 | tttGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑gg > 2:743834/1‑141 (MQ=255) tGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑t‑t > 1:724487/1‑141 (MQ=255) tCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑t‑tt‑t > 2:880648/1‑141 (MQ=255) taATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑T‑tt‑tattt < 1:82532/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑t‑tt‑ttattt < 1:733645/141‑6 (MQ=255) tttttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACTTATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑T‑TT‑TATTTaaa < 1:487263/141‑1 (MQ=255) ttttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTaaa > 1:215590/1‑141 (MQ=255) ttttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTaaa > 1:215794/1‑141 (MQ=255) tGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTaaaaaa > 1:367853/1‑141 (MQ=255) 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> 1:831582/1‑141 (MQ=255) gCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCtat > 2:842243/1‑141 (MQ=255) tAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGa > 1:346893/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGt < 2:216243/141‑1 (MQ=255) tGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACa > 2:298665/1‑141 (MQ=255) gCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTACAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACaa > 2:847651/1‑141 (MQ=255) 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2:215590/141‑1 (MQ=255) aTTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGttgttg < 2:215794/141‑1 (MQ=255) aTTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑T‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGc > 1:274974/1‑141 (MQ=255) tGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCg < 2:140995/141‑1 (MQ=255) ttATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑T‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtat > 1:902216/1‑141 (MQ=255) tATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtat > 2:376764/1‑141 (MQ=255) 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> 1:820685/1‑141 (MQ=255) aGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaaaaaa > 1:927549/1‑141 (MQ=255) gTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAat > 1:706666/1‑141 (MQ=255) tACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAata > 1:24271/1‑141 (MQ=255) aCATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAatat > 1:768496/1‑141 (MQ=255) atatCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTa > 1:361863/1‑141 (MQ=255) 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> 2:877316/1‑141 (MQ=255) ttGTTCGTACATTC‑GG‑T‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATc > 2:67382/1‑141 (MQ=255) tCGTACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATa < 1:880648/141‑1 (MQ=255) tACATTC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACt > 1:691758/1‑141 (MQ=255) ttC‑GGTT‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTACTACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATTACGTTGTTGTGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGc > 2:204387/1‑141 (MQ=255) ttC‑GG‑T‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGCa < 2:963154/141‑1 (MQ=255) | TTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑T‑TT‑TATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACTATGCA > CP000730/1909346‑1909622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |