| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,969 | G→A | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 81.9% | 184.8 / 30.1 | 84 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/8); new base A (33/35); total (41/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
TCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAA > CP000730/76829‑77105 | tctcTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTCGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTGAAAg > 1:497795/1‑141 (MQ=255)tctcTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCAACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAg < 2:185605/141‑1 (MQ=255) tctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAggg < 1:188357/141‑1 (MQ=255) ctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGt < 1:906987/141‑1 (MQ=255) ctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGt < 1:427434/141‑1 (MQ=255) ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACTAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGtt > 1:473329/1‑141 (MQ=255) tCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTa > 1:764377/1‑141 (MQ=255) cAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTaa < 2:827237/141‑1 (MQ=255) cAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTaa > 2:919013/1‑141 (MQ=255) aTCTACGGATTTTCGCGATGATATGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAttt < 1:256401/141‑1 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2:66824/1‑141 (MQ=255) aTGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGAGCTAAAAGAGTTGGTTTATACAGCAttgcaaaaa < 2:874754/141‑8 (MQ=14) tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa < 1:213690/141‑1 (MQ=255) gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc > 2:459481/1‑141 (MQ=255) gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc < 1:325670/141‑1 (MQ=255) gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc > 1:221320/1‑141 (MQ=255) aaTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAtt > 1:145898/1‑141 (MQ=255) gCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGt > 2:97400/1‑141 (MQ=255) catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 2:314632/141‑1 (MQ=255) catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:610956/141‑1 (MQ=255) catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:411529/141‑1 (MQ=255) tcatGCTAGCAAGTTAAGCGAGCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaa < 2:426722/141‑1 (MQ=255) tGCTAGCAAGTAAAGAGAACACTGACATGATAAATTAGTGATTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaatga < 2:60100/141‑4 (MQ=25) gCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAgg > 1:337544/1‑141 (MQ=255) gTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTa < 1:621954/141‑1 (MQ=255) gTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTa > 2:496973/1‑141 (MQ=255) ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGTACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATGACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 1:708621/141‑1 (MQ=255) ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 2:462607/141‑1 (MQ=25) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTTTTTTTTTTCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAATGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTCGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:407903/1‑141 (MQ=37) gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTATTTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa > 2:426500/1‑141 (MQ=37) gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTATAATTAAAAAAAGAAACTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAtaaaaaaaaaaaaa < 2:55072/141‑14 (MQ=25) cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaa < 1:257690/141‑1 (MQ=255) cGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaa > 1:347535/1‑141 (MQ=255) aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaa < 1:409631/141‑1 (MQ=255) cacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTCTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATTGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTGAAAAATAAGGGGTATTAAAAAaat > 2:268753/1‑141 (MQ=37) gATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATc < 2:842851/141‑1 (MQ=255) aTAAATTAGTGGTTAGNTATATTTTTTTANTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCa > 1:777470/1‑141 (MQ=255) tAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCAt > 1:703280/1‑141 (MQ=255) tAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCAt < 2:764377/141‑1 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2:193044/141‑1 (MQ=255) gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt < 1:66824/141‑1 (MQ=255) cTATATTTTTTTACTTTTCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 2:951228/141‑1 (MQ=255) tataTTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGa < 1:682141/141‑1 (MQ=255) tataTTTTTTTACTATGCAACAAAAACTATAAAAAACATGGGATTAAAGGGTTAATTTATATAGAAATACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGATATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGa < 1:682132/141‑1 (MQ=255) atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTg > 1:704807/1‑141 (MQ=255) tttttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTgg > 2:648031/1‑141 (MQ=255) tttttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTgg > 2:648044/1‑141 (MQ=255) ttattttttaaCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg > 2:981136/10‑141 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg > 1:341877/1‑141 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg > 1:632131/1‑141 (MQ=255) aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATCGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt > 1:223350/1‑141 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taAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATaaaa > 1:871967/1‑141 (MQ=255) taAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AGAAGGCATTATATaaaa > 1:792896/1‑141 (MQ=255) aaaagggCTTAAAAGGTTAAATTATTATGGATTAATTGAAAAATTGAAATGAGAAAAAAATTAGGGGGATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAAATGCATTATATAAAATTTAt < 2:109895/137‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGCTTTGTGTCAAAAATTAGGGCAATTAAAAAAATGAATGAAGCATATTTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:40344/141‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:625661/141‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:97400/141‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:648044/141‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:648031/141‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 2:852264/141‑1 (MQ=255) aTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGa < 1:368892/141‑1 (MQ=255) tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg > 1:788245/1‑141 (MQ=255) ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:473329/141‑1 (MQ=255) gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCa > 2:462473/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaaa < 1:959871/141‑1 (MQ=255) tAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaaaa < 1:70909/141‑1 (MQ=255) | TCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTT‑AAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAA > CP000730/76829‑77105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |