| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 195,286 | T→A | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 82.3% | 201.5 / 36.3 | 80 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/3); new base A (31/34); total (42/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
TTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAA > CP000730/195146‑195421 | tttttGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATAttt > 1:266649/1‑141 (MQ=255) tttttttttttAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTCCTTATACCCTAACATGTTTTTTTTACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTaaaa > 2:865642/11‑141 (MQ=255) tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACGGATTCTTTATCCATAATGATAGCCTCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTTAAAATATATTTTACAGCATTTTATCTTACTATTTatga > 2:776088/1‑138 (MQ=255) tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAaaaa < 1:117690/141‑1 (MQ=255) gTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaaaa < 1:950286/141‑1 (MQ=255) cTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAata > 1:20685/1‑141 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAATATATCtt < 1:777255/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 2:717729/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:666390/141‑1 (MQ=255) tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTa > 1:416328/1‑141 (MQ=255) tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTa < 1:663397/141‑1 (MQ=255) aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAat > 2:677899/1‑141 (MQ=255) aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAat > 1:704970/1‑141 (MQ=255) aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAat > 2:147612/1‑141 (MQ=255) ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATc > 2:814589/1‑141 (MQ=255) gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAAAATGATTTTTATTCTTTTTGATAATATATATTATAGATATTTGTATAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCt > 1:881512/1‑141 (MQ=255) aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt < 1:919864/141‑1 (MQ=255) aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt < 2:865717/141‑1 (MQ=255) cAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATc > 2:860626/1‑141 (MQ=255) cAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATc > 1:622813/1‑141 (MQ=255) cAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATc > 1:415340/1‑141 (MQ=255) ttCTTTATCCATAATGATCGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATTCTTGTAATCCGAt > 2:399029/1‑141 (MQ=255) ttCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTTCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAt > 1:844307/1‑141 (MQ=255) tCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 1:882233/141‑1 (MQ=255) tATCCATAATGATAGCCCCCTATATAAATGTCTATTTACTTATACCCTAACATGACATTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATATAAATATTAAAAAAAAGATCTTAATATCCTTGTAATCTGATAAGaa > 2:873899/1‑141 (MQ=255) aTAGCCCCCGATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATGTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 1:52180/141‑1 (MQ=255) aGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACGCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTAACTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt < 2:693086/141‑1 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATATTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCTTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttt > 2:556645/1‑141 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttt < 1:432594/141‑1 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttt > 2:314293/1‑141 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttt > 2:692047/1‑141 (MQ=255) ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 1:432459/141‑1 (MQ=255) ttatatataTGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTcg < 2:555407/140‑2 (MQ=255) atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 1:306541/141‑1 (MQ=255) atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc > 1:733124/1‑141 (MQ=255) atatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCa < 1:154087/141‑1 (MQ=255) atatGTTTATAAACTTAAACCCTAACATGATTTTTATACTATTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAtt < 2:419379/141‑1 (MQ=255) gTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAGAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTta > 2:763537/1‑141 (MQ=255) 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1:116345/141‑1 (MQ=255) aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 1:543134/1‑141 (MQ=255) aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattatt > 1:840259/1‑141 (MQ=255) tttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt < 2:196165/141‑1 (MQ=255) ataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttat > 1:209201/1‑141 (MQ=255) ataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAACGACATTATTTttat > 2:423676/1‑141 (MQ=255) taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatt < 1:791672/141‑1 (MQ=255) tGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCt < 1:712114/141‑1 (MQ=255) aaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAAc < 1:90362/141‑1 (MQ=255) aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGAGGTCTTATTAATGAAATTATTTTTATTAGAATTTAACa > 2:700658/1‑141 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 1:887435/1‑141 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:391348/1‑141 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1:357758/1‑140 (MQ=255) tatTTTACAGAATTTTATATAAAAATAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCt < 2:698540/141‑1 (MQ=255) atTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCtt > 1:321299/1‑141 (MQ=255) ttttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTTCTTTTTTTATAGGAGATATTATTTATGACATTATTTTTATTTGTAGCTAATAATCttt > 2:611155/1‑140 (MQ=255) tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa > 2:952225/1‑141 (MQ=255) tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa < 1:392154/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa > 1:301685/1‑141 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTCTCTTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa < 2:783677/141‑1 (MQ=255) aaaTATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaag < 1:482539/141‑1 (MQ=255) atatTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaa < 2:914535/141‑1 (MQ=255) | TTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAA > CP000730/195146‑195421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |