| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,028,269 | G→C | P126A (CCA→GCA) | yvqF ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,028,269 | 0 | G | C | 88.6% | 111.8 / 6.2 | 35 | P126A (CCA→GCA) | yvqF | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (13/18); total (14/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAACA > CP000730/2028129‑2028403 | tataACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTgg > 1:280275/1‑141 (MQ=255) ccTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTAc > 2:49341/1‑141 (MQ=255) cTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCt > 1:412560/1‑141 (MQ=255) aCCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCAcc < 1:263326/141‑1 (MQ=255) tacaaTGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATGTTTAAACAATTTGTAAAGTAAAACAACAAACCGACTATTATACATTCAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCCCCaaa < 1:356498/138‑1 (MQ=255) aaTGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCa < 2:243531/141‑1 (MQ=255) tCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTg < 2:364256/141‑1 (MQ=255) cTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGt < 1:132271/141‑1 (MQ=255) tAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAGACCACTTTTGtt > 2:338833/1‑141 (MQ=255) caaTGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCCTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTtaataa < 1:111623/141‑1 (MQ=255) tGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAg > 1:277187/1‑141 (MQ=255) tGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAg > 2:152372/1‑141 (MQ=255) gTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGAt < 2:131762/141‑1 (MQ=255) attTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGa < 2:236776/141‑1 (MQ=255) ttGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCAt < 1:49341/141‑1 (MQ=255) gCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATcc > 1:18676/1‑141 (MQ=255) cAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCg < 1:333612/141‑1 (MQ=255) ttGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCaa < 1:136666/141‑1 (MQ=255) tAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAactac < 1:158113/141‑1 (MQ=255) tAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAactac > 1:335757/1‑141 (MQ=255) aaTATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACtttttt < 1:392040/141‑1 (MQ=255) atatGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACttttttt > 2:32520/1‑141 (MQ=255) tAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGttt > 2:46781/1‑141 (MQ=255) tAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGttt < 1:249996/141‑1 (MQ=255) aGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTa > 1:69453/1‑141 (MQ=255) aTTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGTTCACCAAACCACTTTGGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTgtgt < 1:80872/141‑1 (MQ=255) aTTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTgtgt < 2:353371/141‑1 (MQ=255) aTTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTgtgt < 1:174332/141‑1 (MQ=255) ccATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGaa < 2:31869/90‑1 (MQ=255) ccATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGaa > 1:31869/1‑90 (MQ=255) gAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAAc < 2:210293/141‑1 (MQ=255) tGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGcaca < 1:169063/141‑1 (MQ=255) tACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAAt < 1:129268/141‑1 (MQ=255) cATCTTCCCACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATaa > 2:240879/1‑141 (MQ=255) ccACTTATATACATAAACTGCTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGtaataa > 2:93784/1‑141 (MQ=255) aaaCTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAACa > 1:327168/1‑141 (MQ=255) | TATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAAGATGGTGAAGTCATAACCTCATCCGTCGCAACTACTTTTTTTGGTTTAAACTTGTGTATTAAATAACGCACAATAAGTAATAATAAAAAGACGAACA > CP000730/2028129‑2028403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |