| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,268,558:1 | +A | 6.9% | intergenic (‑446/+92) | USA300HOU_2142 ← / ← USA300HOU_2143 | hypothetical protein/possible HAD superfamily hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,268,558 | 1 | . | A | 6.9% | 243.2 / 10.1 | 58 | intergenic (‑446/+92) | USA300HOU_2142/USA300HOU_2143 | hypothetical protein/possible HAD superfamily hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/31); new base A (2/2); total (25/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
TAGTTAAACCTTAAAACAAGAAATATTATTCAAAATCAATGAATTTCCTATCTTATTAGTTTTAACAATATTTATTCTCATAGAGTTTGTCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGCTAAAAAATGCTCTGCTAAATATTTTGCTGCGCCATCCTC > CP000730/2268419‑2268697 | tAGTTAAACCTTAAAACAAGAAATATTATTCAAAATCAATGAATTTCCTATCTTATTAGTTTTAACAATATTTATTCTCATAGAGTTTGTCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑a < 2:715913/141‑1 (MQ=255) gTTAAACCTTAAAACAAGAAATATTATTCAAAATCAATGAATTTCCTATCTTATTAGTTTTAACAATATTTATTCTCATAGAGTTTGTCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAg > 1:428894/1‑141 (MQ=255) aCCTTAAAACAAGAAATATTATTCAAAATCAATGAATTTCCTATCTTATTAGTTTTAACAATATTTATTCTCATAGAGTTTGTCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACAtt > 1:185240/1‑141 (MQ=255) aCCTTAAAACAAGAAATATTATTCAAAATCAATGAATTTCCTATCTTATTAGTTTTAACAATATTTATTCTCATAGAGTTTGTCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACAtt > 1:214945/1‑141 (MQ=255) 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1:620458/1‑141 (MQ=255) tCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTAtttt > 2:107796/1‑141 (MQ=255) tCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTAtttt < 2:484539/141‑1 (MQ=255) tataGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGc < 1:288844/141‑1 (MQ=255) taGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGCTa < 2:157320/141‑1 (MQ=255) tatTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGCTAAAAAATGCTCTGc < 1:757402/141‑1 (MQ=255) 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1:241856/1‑141 (MQ=255) ccgT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGCTAAAAAATGCTCTGCTAAATATTTTGCTGCGCCATcc < 1:559072/139‑1 (MQ=255) cAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAGCCGCCTATTTTATTATTCAGCTAAAAAATGCTCTGCTAAATATTTTGCTGCGCCATcc < 1:280311/141‑1 (MQ=255) cAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGCTAAAAAATGCTCTGCTAAATATTTTGCTGCGCCATcc < 2:684422/141‑1 (MQ=255) gT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGCTAAAAAATGCTCTGCTAAATATTTTGCTGCGCCATCctc > 2:430182/1‑141 (MQ=255) | TAGTTAAACCTTAAAACAAGAAATATTATTCAAAATCAATGAATTTCCTATCTTATTAGTTTTAACAATATTTATTCTCATAGAGTTTGTCCAATTAAATATAGATGATTCAAATATTTATAAGCATACAAAAGAGCAGT‑AAGACATTTTCTAATAGAAAATAACTTTACTGCTCTTTGTACATTACTCATCAACTATTGTAAATTAAATAATAAATAACTACCTATTTTATTATTCAGCTAAAAAATGCTCTGCTAAATATTTTGCTGCGCCATCCTC > CP000730/2268419‑2268697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |