New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	1217678 =	51 (0.780)	3 (0.050)	3/226	NT	6.9%	intergenic (+7/‑430)	USA300HOU_1144/USA300HOU_1145	hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase
	?	CP000730	1217746 =	36 (0.630)					intergenic (+75/‑362)	USA300HOU_1144/USA300HOU_1145	hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase

GATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT  >  CP000730/1217609‑1217885                                                                                                                                          |                                                                                                                                            gATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTttatta                                                                                                                                          >  1:444629/1‑141 (MQ=255)    cATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatat                                                                                                                                       <  1:578615/141‑1 (MQ=255)    cATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatat                                                                                                                                       <  1:578422/141‑1 (MQ=255)               tttatttaAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATttat                                                                                                                            >  1:545194/1‑141 (MQ=255)                     taAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCgg                                                                                                                      >  1:265841/1‑141 (MQ=255)                          aTGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAAt                                                                                                                 <  1:628853/141‑1 (MQ=255)                           tGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAAtt                                                                                                                >  1:324402/1‑141 (MQ=255)                           agTAAAGGATATATAACGTAAACAAGAACAAATCTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGATTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTAATTATATAACACATTTATTAGCGGATAAtt                                                                                                                >  2:115345/2‑141 (MQ=255)                              aaaaaatatatTACGTAAACAATAAAAAAATTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGAGGTGGTTTAGAAGCATCCGAATATTACAATCACTATAGTTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAc                                                                                                             <  2:628290/136‑1 (MQ=255)                                           cGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCTGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcc                                                                                                >  1:681480/1‑141 (MQ=255)                                           cGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcc                                                                                                >  1:524568/1‑141 (MQ=255)                                            gTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcca                                                                                               <  1:5831/141‑1 (MQ=255)                                            aaaaagagaaaCAAAATTAAAAAGAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGAGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAATTcca                                                                                               <  2:85276/132‑1 (MQ=255)                                               aaCAAGAAAAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTACTTAACCGCATCCAAATATTAAAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGAATAATTAACTTTATTAAAATccaacc                                                                                            <  1:313865/141‑1 (MQ=255)                                                  aaGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAAt                                                                                         <  2:157274/141‑1 (MQ=255)                                                    gAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTa                                                                                       <  1:715355/141‑1 (MQ=255)                                                     aaCAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTaa                                                                                      >  1:546443/1‑141 (MQ=255)                                                         aaTTTAAAAGCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAAt                                                                                  >  1:691499/1‑141 (MQ=255)                                                         aaTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACAGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATACAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAAt                                                                                  >  2:373482/1‑141 (MQ=255)                                                           tttAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATAc                                                                                <  1:226534/141‑1 (MQ=255)                                                             tAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGa                                                                              >  2:560950/1‑141 (MQ=255)                                                                  aCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAAt                                                                         <  2:60921/141‑1 (MQ=255)                                                                         AGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATATGAGTAATAGGACTa                                                                  <  2:695804‑M1/141‑1 (MQ=255)                                                                           CTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAAt                                                                <  1:542342‑M1/141‑1 (MQ=255)                                                                            tatagtgtttgtaatattcggatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATa                                                               >  2:611906‑M2/63‑141 (MQ=255)                                                                                gtgtttgtaatattcggatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTgg                                                           >  2:430353‑M2/59‑141 (MQ=255)                                                                                 tgtttgtaatattcggatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGa                                                          >  2:760113‑M2/58‑141 (MQ=255)                                                                                       atatCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATcaca                                                    >  2:566304/1‑141 (MQ=255)                                                                                       atatCAGGGGCTGCTTAACCGCATACGAATATTACAAACACTATAGATAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATcaca                                                    <  2:195446/141‑1 (MQ=255)                                                                                            aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATg                                               >  1:540953/1‑141 (MQ=255)                                                                                                gctgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAAc                                           >  1:257274/1‑141 (MQ=255)                                                                                                gctgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAAc                                           <  1:571206/141‑1 (MQ=255)                                                                                                 ctgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATACTCTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACa                                          >  1:743681/1‑141 (MQ=255)                                                                                                  tgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACAt                                         >  2:482043/1‑141 (MQ=255)                                                                                                    ctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATaa                                       <  1:472842/141‑1 (MQ=255)                                                                                                     ttAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAAc                                      >  1:38732/1‑141 (MQ=255)                                                                                                        aCCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTc                                   >  1:372906/1‑141 (MQ=255)                                                                                                          cGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTccc                                 <  2:455699/141‑1 (MQ=255)                                                                                                          cGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTccc                                 <  2:120327/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                cGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGTGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCttt                           <  1:503133/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                  aaTATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTaa                         >  2:720204/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                    tatTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACt                       <  1:350633/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                     atTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtt                      >  2:2005/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                      ttACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtta                     <  2:114124/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                      ttACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtta                     <  1:191706/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                       tACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaa                    >  1:268329/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                        aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaat                   >  2:737425/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                         cAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaatt                  <  1:702347/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                         cAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaatt                  <  1:702383/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                          aaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaattt                 <  1:584676‑M2/125‑1 (MQ=255)                                                                                                                              actatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaattttaat             >  1:621346‑M2/13‑141 (MQ=255)                                                                                                                                   agcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGATTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTaa        >  1:665032‑M2/8‑141 (MQ=255)                                                                                                                                   agcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTaa        >  1:169582‑M2/8‑141 (MQ=255)                                                                                                                                     cttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAAc                                      >  2:374585‑M2/6‑109 (MQ=255)                                                                                                                                     cttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAAc                                      <  1:374585‑M2/104‑1 (MQ=255)                                                                                                                                         tATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAt  >  1:221864‑M2/2‑141 (MQ=255)                                                                                                                                         tATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAt  >  1:480555‑M2/2‑141 (MQ=255)                                                                                                                                          |                                                                                                                                            GATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT  >  CP000730/1217609‑1217885

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.