| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,243,494 | A→T | 8.9% | intergenic (+72/+37) | USA300HOU_2114 → / ← pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,243,494 | 0 | A | T | 8.9% | 171.2 / 7.9 | 57 | intergenic (+72/+37) | USA300HOU_2114/pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/33); new base T (2/3); total (21/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
ATTGAATTATGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCA > CP000730/2243356‑2243633 | aTTGAATTATGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTATCATAATATTAAAAAAAAAAAAAAAACCGGTACTTTCAATg < 2:175281/141‑1 (MQ=255) ggAATTAGGTATAGTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGtt < 2:759061/140‑1 (MQ=255) aTGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACaa < 1:669455/141‑1 (MQ=255) tGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACatt < 2:254513/141‑3 (MQ=255) tataCTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACATTGa < 1:2041/141‑1 (MQ=255) taCTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGaaa > 2:222490/1‑141 (MQ=255) cTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGt > 2:482049/1‑141 (MQ=255) tATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTa > 2:763960/1‑141 (MQ=255) gACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCg < 1:161249/141‑1 (MQ=255) cATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGt > 2:366576/1‑141 (MQ=255) tataCACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTtta > 1:572303/1‑141 (MQ=255) taCACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTttatt > 1:241085/1‑141 (MQ=255) acacAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACat > 2:758140/1‑120 (MQ=255) acacAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACat < 1:758140/121‑2 (MQ=255) acaAATGATTGATATGACAATAGACTTAAAAATATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATCCCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTATATTAGc < 2:545852/141‑1 (MQ=255) acaAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACAGGTTTTATTAGc > 1:768023/1‑141 (MQ=255) taaTTGAAACTACAAGAAACTTATAATGATAAAATTCACTATTATTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatt < 2:467993/139‑1 (MQ=255) gATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAattt < 2:696420/141‑1 (MQ=255) ttGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttat < 2:547380/141‑1 (MQ=255) ttGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttat < 1:52148/141‑1 (MQ=255) tGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatt < 1:192936/141‑1 (MQ=255) aaTGATAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatttat > 2:165823/1‑141 (MQ=255) aaTGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGTAAatttatttat > 2:224730/1‑141 (MQ=255) aaGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTttgtt < 1:630452/141‑1 (MQ=255) agaCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGat < 1:567530/141‑1 (MQ=255) aCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGatat < 1:361025/141‑1 (MQ=255) aGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATCTTAAAATTATACGAAAAACCGGAACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTACTTTGTTGATATTTTa > 2:755566/1‑141 (MQ=255) aGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa < 2:249556/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATg < 2:242754/141‑1 (MQ=255) taAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:718837/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCt > 1:45606/1‑141 (MQ=255) cTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGCACTTTCACTGTTTAACAATGAAAGTACAGGCATTATTAACAAGTATATTTATTTTGTTGATAATTTAATGAAGCTTCAATaaa > 1:508521/1‑141 (MQ=255) aTTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaa > 2:204548/1‑141 (MQ=255) aTACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATc < 2:500513/141‑1 (MQ=255) aCCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCgg > 1:152015/1‑141 (MQ=255) tCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCgg < 1:96442/141‑1 (MQ=255) cACTAACATAATATTAAAATTATACGAACAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATAAATTAAAAATCGGGTGCGGa < 2:393081/141‑1 (MQ=255) tAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGa < 1:595806/141‑1 (MQ=255) tAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGa < 2:241085/141‑1 (MQ=255) aCATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGAtt < 2:301437/141‑1 (MQ=255) taataTTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTgg < 2:145176/141‑1 (MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGtata > 1:166588/1‑141 (MQ=255) aTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAg < 1:251071/141‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGa < 2:302018/141‑1 (MQ=255) cGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCt > 2:98747/1‑141 (MQ=255) gAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTg > 1:682917/1‑141 (MQ=255) aaaaCCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGTAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTggg < 1:224730/141‑1 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCa < 2:260916/83‑1 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCa > 1:260916/1‑83 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGa < 2:681851/141‑1 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAAtt > 1:396670/1‑141 (MQ=255) cTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGAc < 2:56888/141‑1 (MQ=255) ttCATTGTTAAACATTGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACaa > 2:288026/1‑141 (MQ=255) tCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAg < 2:103745/141‑1 (MQ=255) tCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAg < 2:532565/141‑1 (MQ=255) cAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGc < 2:768023/141‑1 (MQ=255) cAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGc < 2:545849/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCa > 1:619178/1‑141 (MQ=255) | ATTGAATTATGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCA > CP000730/2243356‑2243633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |