| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,243,499 | T→A | 10.2% | intergenic (+77/+32) | USA300HOU_2114 → / ← pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,243,499 | 0 | T | A | 10.2% | 181.1 / 12.8 | 59 | intergenic (+77/+32) | USA300HOU_2114/pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/33); new base A (3/3); total (23/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
ATGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCAATAAAG > CP000730/2243364‑2243639 | aTGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACaa < 1:669455/141‑1 (MQ=255) tGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACatt < 2:254513/141‑3 (MQ=255) tataCTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACATTGa < 1:2041/141‑1 (MQ=255) taCTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGaaa > 2:222490/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) acacAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACat < 1:758140/121‑2 (MQ=255) acacAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACat > 2:758140/1‑120 (MQ=255) acaAATGATTGATATGACAATAGACTTAAAAATATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATCCCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTATATTAGc < 2:545852/141‑1 (MQ=255) acaAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACAGGTTTTATTAGc > 1:768023/1‑141 (MQ=255) taaTTGAAACTACAAGAAACTTATAATGATAAAATTCACTATTATTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatt < 2:467993/139‑1 (MQ=255) gATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAattt < 2:696420/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agaCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGat < 1:567530/141‑1 (MQ=255) aCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGatat < 1:361025/141‑1 (MQ=255) aGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATCTTAAAATTATACGAAAAACCGGAACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTACTTTGTTGATATTTTa > 2:755566/1‑141 (MQ=255) aGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa < 2:249556/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATg < 2:242754/141‑1 (MQ=255) taAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:718837/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCt > 1:45606/1‑141 (MQ=255) cTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGCACTTTCACTGTTTAACAATGAAAGTACAGGCATTATTAACAAGTATATTTATTTTGTTGATAATTTAATGAAGCTTCAATaaa > 1:508521/1‑141 (MQ=255) aTTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaa > 2:204548/1‑141 (MQ=255) aTACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATc < 2:500513/141‑1 (MQ=255) aCCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCgg > 1:152015/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGtata > 1:166588/1‑141 (MQ=255) aTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAg < 1:251071/141‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGa < 2:302018/141‑1 (MQ=255) cGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCt > 2:98747/1‑141 (MQ=255) gAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTg > 1:682917/1‑141 (MQ=255) aaaaCCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGTAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTggg < 1:224730/141‑1 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCa < 2:260916/83‑1 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCa > 1:260916/1‑83 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGa < 2:681851/141‑1 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAAtt > 1:396670/1‑141 (MQ=255) cTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGAc < 2:56888/141‑1 (MQ=255) ttCATTGTTAAACATTGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACaa > 2:288026/1‑141 (MQ=255) tCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAg < 2:103745/141‑1 (MQ=255) tCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAg < 2:532565/141‑1 (MQ=255) cAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGc < 2:545849/141‑1 (MQ=255) cAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGc < 2:768023/141‑1 (MQ=255) attGTTAAACATTGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCa > 2:147466/3‑141 (MQ=255) actgtgTAACCATGAAAGTTACGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGGGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCa < 2:166588/139‑1 (MQ=255) aaTGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCa > 1:619178/1‑141 (MQ=255) gTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCAATa < 2:360805/141‑1 (MQ=255) tttAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCAATaa > 1:226842/1‑141 (MQ=255) ttAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTATGGGTGGAATTGACAAGCAATaaa > 2:407897/1‑141 (MQ=255) tAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCAATAAAg < 1:551126/141‑1 (MQ=255) | ATGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGATTTGGTCTAGATAAGAATTCTGGGTGGAATTGACAAGCAATAAAG > CP000730/2243364‑2243639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |