| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,304,131 | A→C | 6.3% | G336G (GGT→GGG) | USA300HOU_2162 ← | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,304,131 | 0 | A | C | 6.3% | 170.9 / 4.4 | 57 | G336G (GGT→GGG) | USA300HOU_2162 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/19); new base C (2/2); total (36/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ACACTATCTTTACCTTCTTTATTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTAAATTGATTTGCAACTTC > CP000730/2303994‑2304268 | acaCTATCTTTACCTTCTTTATTTGTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCa < 2:145733‑M2/138‑1 (MQ=255) caCTATCTTTACCTTCTTTATTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCaa > 1:611726‑M2/3‑141 (MQ=255) tttACCTTCTTTATTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTtctc > 1:114468/1‑141 (MQ=255) tttACCTTCTTTATTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTtctc > 1:452495/1‑141 (MQ=255) ccTTCTTTATTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCt > 1:632242/1‑141 (MQ=255) tATTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCt > 2:731971/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCtt < 2:688732/141‑1 (MQ=255) ttttAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCa < 2:731571/141‑1 (MQ=255) tttAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCaa > 1:702643/1‑141 (MQ=255) agagGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAACGTTCTCATCTAATTGCTTCAACTTc > 1:678159/1‑141 (MQ=255) agagGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAAttt > 1:44854/1‑140 (MQ=255) ggTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACCCCAAAGTTCTCATCt > 2:38788/1‑123 (MQ=255) ggTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACCCCAAAGTTCTCATCt < 1:38788/123‑1 (MQ=255) ggTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTa > 2:342381/1‑141 (MQ=255) gTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTaa < 1:260128/141‑1 (MQ=255) tGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAAt > 2:453185/1‑141 (MQ=255) gAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATa > 2:600158/1‑141 (MQ=255) gAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACATGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATa > 2:705327/1‑141 (MQ=255) aaaaTTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAg < 2:525744/141‑1 (MQ=255) aaaTTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGc < 2:449488/141‑1 (MQ=255) ttcttcttcTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTaa > 2:179599/1‑141 (MQ=255) cttcttctCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAAt > 1:139872/1‑141 (MQ=255) ttcttctCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATg > 1:623258/1‑141 (MQ=255) tcttctCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACCAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCTATAACACCAAAGTTCTCATCTACTTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGa > 2:571540/1‑141 (MQ=255) ctAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGt < 1:116483/141‑1 (MQ=255) ctAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGt > 2:26399/1‑141 (MQ=255) aGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACCCCAAAGTTCTCATCTAATTGTTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTaa > 2:479879/1‑141 (MQ=255) aGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTaa > 1:299527/1‑141 (MQ=255) aaCTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTc > 2:763461/1‑141 (MQ=255) tGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGa > 1:500086/1‑141 (MQ=255) aaCGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGAttt > 1:14918/1‑141 (MQ=255) gTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACa > 2:688033/1‑141 (MQ=255) aCAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCg < 1:334655/141‑1 (MQ=255) cAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGt < 1:729289/141‑1 (MQ=255) aaaCTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCGAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGttt < 2:331166/141‑1 (MQ=255) cTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTtaaa > 1:593093/1‑141 (MQ=255) aaTATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTa > 1:359888/1‑141 (MQ=255) atatGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTaa > 1:541595/1‑141 (MQ=255) atatGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTaa < 1:763461/141‑1 (MQ=255) atatGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTaa > 1:473618/1‑141 (MQ=255) atatGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTaa > 1:473579/1‑141 (MQ=255) tatGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTaaa > 2:220134/1‑141 (MQ=255) aaTAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTCCAAGAACACCAAAGGTCTCATCTAATTGCTGCTAAGTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGaa > 2:559120/1‑141 (MQ=255) tAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGGATa < 2:769008/141‑1 (MQ=255) tAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATa < 2:638124/141‑1 (MQ=255) aaCAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAAtcatg > 1:55/1‑137 (MQ=255) cAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGat < 1:558896/141‑1 (MQ=255) cAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGat > 1:253062/1‑141 (MQ=255) aaTTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCa < 2:14918/141‑1 (MQ=255) aTTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAAATCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGACTACCGATATTAGCAt < 2:86705/141‑1 (MQ=255) aaaGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTa < 2:292639/141‑1 (MQ=255) aaGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAATCAAAACCCA‑TTTCATTACTTGAATACCGATATTAGCATTGTTaa < 2:626039/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAAGCGACGAGTTGCAGCGCGGAAAAT‑AAAACCAAGGTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTaaa > 1:74675/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTaaa < 1:499775/141‑1 (MQ=255) ggttgTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAACTTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTAACGATTTAAACAGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTAAATTGa > 1:158632/1‑141 (MQ=255) tgatCAATAACCCAAAAGTTCTCATCTAATTGTTTCAAAATCTCAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTAAATTGAttt < 1:611625/138‑1 (MQ=255) aaCACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTAAATTGATTTGCAACTTc > 2:307491/1‑141 (MQ=255) | ACACTATCTTTACCTTCTTTATTTTTAAGAGGTGAAAATTCTTCTTCTCTAGGAACTTGTAACGTGACAAAACTAGTTCCATAAGTAAATATGTCAAAATAGAACAATTCGAATTTTAAAGTTGGTTGTTCAATAACACCAAAGTTCTCATCTAATTGCTTCAAATTCTTAATAGCTAAATGATAAGGTAACTCACGATTTACAGCGTTTAAAAT‑AAAACCAAGTTTAAATGCATGAATACCGATATTAGCATTGTTAAATTGATTTGCAACTTC > CP000730/2303994‑2304268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |