| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,371,339 | C→T | 6.4% | intergenic (‑4456/+1102) | rpmC ← / ← pbuG | ribosomal protein L29/NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,371,339 | 0 | C | T | 6.4% | 194.2 / 3.0 | 62 | intergenic (‑4456/+1102) | rpmC/pbuG | ribosomal protein L29/NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/29); new base T (2/2); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
ATTTCGATGTCTACACCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTCTCTGCTGATTGATCAATTACGCGGTGATCATAAGCTTTTAA > CP000730/2371205‑2371476 | aTTTCGATGTCTACACCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATgcacggca < 1:69987/141‑1 (MQ=255)aTTTCGATGTCTACACCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATgcacggca < 1:181101/141‑1 (MQ=255) cGATGTCTACACCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGga > 1:320044/1‑141 (MQ=255) cGATGTCTACACCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGga > 1:500363/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) acacCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATtgtg < 2:380369/141‑1 (MQ=255) acCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTa > 1:278258/1‑141 (MQ=255) acCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTa < 1:642348/141‑1 (MQ=255) gATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACt < 1:242263/141‑1 (MQ=255) gATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACt < 1:210700/141‑1 (MQ=255) tGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGa > 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(MQ=255) aGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAAt < 2:209040/141‑1 (MQ=255) gCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGAt > 1:97736/1‑120 (MQ=255) gCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGAt < 2:97736/120‑1 (MQ=255) gCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAAtt > 2:667287/1‑141 (MQ=255) cGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTg > 2:488337/1‑141 (MQ=255) gtcgtcTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATGCTTGTGCACGGCACGGATGATTGGGTAAACTGATTGCTCAGTTGGTAACGGAATTgg < 2:154838/136‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCt > 2:238843/1‑141 (MQ=255) gtTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCa < 1:433942/141‑1 (MQ=255) gggTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCa < 2:441506/141‑1 (MQ=255) cAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGtt < 2:510104/141‑1 (MQ=255) tatCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATTATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCg < 1:227709/141‑1 (MQ=255) aTTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGtt < 2:20422/141‑1 (MQ=255) cGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACa > 1:637719/1‑141 (MQ=255) tttGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAAt < 1:286497/141‑1 (MQ=255) gtgtACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAAtcttcc > 2:782206/1‑140 (MQ=255) gtACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTctct > 2:734914/1‑141 (MQ=255) tACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTCTctg < 2:141370/141‑1 (MQ=255) aCGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGTACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTc > 2:451422/1‑126 (MQ=255) aCGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGTACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTc < 1:451422/126‑1 (MQ=255) aCGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGTACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTc > 2:451412/1‑126 (MQ=255) aCGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGTACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTc < 1:451412/126‑1 (MQ=255) cGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTCTCTGCtgattgat < 2:102607/141‑1 (MQ=255) tGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTCTCTGCTGATTGATCAAtt < 2:653009/141‑1 (MQ=255) cGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTCTCTGCTGATTGATCAATTACGCgg > 1:570189/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTCTCTGCTGATTGATCAATTACGCGGTGATCATAAGCTTTTaa > 2:170778/1‑141 (MQ=255) | ATTTCGATGTCTACACCAGATGGTAAGTTTAAGCCCATTAAAGCGTCAACTGTTTTTGGTGTTGGGTTTACAATATCGATTAAACGTTTGTGTGTACGTTGTTCGAATTGTTCACGTGAATCTTTATACTTATGCACGGCACGGATGATTGTGTAAACTGATTTCTCAGTTGGTAACGGAATTGGTCCAGAAACATCTGCACCAGAACGTTTCGCTGTTTCTACAATCTTCTCTGCTGATTGATCAATTACGCGGTGATCATAAGCTTTTAA > CP000730/2371205‑2371476 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |