| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,628,276 | T→C | 6.0% | intergenic (+146/+65) | sarU → / ← galU | staphylococcal accessory regulator U/UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,628,276 | 0 | T | C | 6.0% | 201.9 / 3.3 | 67 | intergenic (+146/+65) | sarU/galU | staphylococcal accessory regulator U/UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/25); new base C (2/2); total (40/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
AACAGATTTACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGT > CP000730/2628136‑2628415 | aaCAGATTTACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCAt > 2:177038/1‑141 (MQ=255) aGATTTACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGac > 2:215035/1‑141 (MQ=255) aTTTACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGacac < 2:522761/141‑1 (MQ=255) aTTTACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGacac < 2:597812/141‑1 (MQ=255) aTTTACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTAAAAAAAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGacac < 2:396080/141‑1 (MQ=255) tttACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACt < 2:356275/141‑1 (MQ=255) ctctTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTCCTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGATACTCATTc > 1:656237/1‑141 (MQ=255) tGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAAtt < 2:215887/141‑1 (MQ=255) gATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTTTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAAttt > 2:583065/1‑141 (MQ=255) taaaataaaTAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAg > 2:679466/1‑141 (MQ=255) aaataaatAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGtt > 2:259869/1‑141 (MQ=255) taaataaGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATAGCATACTATATATCACAACACATATATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCAc > 1:508680/1‑141 (MQ=255) taaataaGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCAc < 1:352562/141‑1 (MQ=255) ataaGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCAt > 1:210628/1‑141 (MQ=255) aGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTc > 1:15153/1‑141 (MQ=255) gCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCg > 1:643942/1‑141 (MQ=255) gCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCg > 1:189534/1‑141 (MQ=255) cAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCgt > 1:630903/1‑141 (MQ=255) aaTCATACTACTTCTCAATTTAAAATAAAAAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCgtg < 2:455237/141‑1 (MQ=255) cATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTc > 2:739270/1‑141 (MQ=255) aTACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTcc < 1:141660/141‑1 (MQ=255) tactacTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCACGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCa > 2:750595/1‑141 (MQ=255) tactacTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCACGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCa > 2:750731/1‑141 (MQ=255) aTTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGt > 2:296027/1‑141 (MQ=255) tttAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTa > 2:473082/1‑141 (MQ=255) ttAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTAt < 2:773831/141‑1 (MQ=255) aGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTCTTTCAATACCCTACTCTATACCCCAACACATAACTTACGCATGACACTCATTCAACTTACTTCACCACTTCGTCCTCCAATATTCCTGACGATCa > 2:27703/1‑141 (MQ=255) gTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCTCAACACATAAATTAAGCATGACACTCTTTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCAt < 2:751351/141‑1 (MQ=255) taaaAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTa < 1:307381/141‑1 (MQ=255) aaaaTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCACTTTAGTTCATATTTTGGTGTCCCCTTGATACTGAGTATCATGCTTTTAAt > 1:424580/1‑141 (MQ=255) aaaaTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAAt < 2:572207/141‑1 (MQ=255) aaaaTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAAt > 2:340989/1‑141 (MQ=255) cATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTtata > 1:49711/1‑141 (MQ=255) aTTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAAcc > 2:66294/1‑141 (MQ=255) tttcttttctTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATTTAACACCACCCATAAATTAAGCATGTCACTCATTCAATTTAGCTCACCATTTCCTATTCCAATTTTACTCATTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTTATGc < 2:782821/141‑1 (MQ=255) tttctttTGTTTTTATATTATTTCAATAACCCATTAGATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGc > 1:21726/1‑141 (MQ=255) ttctttTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCt < 2:49711/141‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTta < 1:421778/141‑1 (MQ=255) tttGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTtaa < 2:58266/141‑1 (MQ=255) tttGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTtaa < 2:180422/141‑1 (MQ=255) tttttATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATaaa > 1:1932/1‑141 (MQ=255) ttATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCg < 1:216884/141‑1 (MQ=255) tataTTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgt > 2:686028/1‑141 (MQ=255) tattatTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgtgt > 2:604578/1‑141 (MQ=255) tattTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTaa > 1:754625/1‑141 (MQ=255) aaTACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttcttc < 2:214167/141‑1 (MQ=255) aaTACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCACGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttcttc < 1:750731/141‑1 (MQ=255) aaTACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCACGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttcttc < 1:750595/141‑1 (MQ=255) ccTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCa < 2:699293/141‑1 (MQ=255) ctactaTATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCAt < 1:210437/141‑1 (MQ=255) ctactaTATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCAt < 1:452529/141‑1 (MQ=255) actaTATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATAc > 2:397394/1‑141 (MQ=255) ctaTATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACt < 2:419368/141‑1 (MQ=255) atatatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGt > 2:304389/1‑141 (MQ=255) atatatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGt > 2:375764/1‑141 (MQ=255) tatatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTc < 1:463834/141‑1 (MQ=255) tatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCAt > 1:527037/1‑141 (MQ=255) atCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATc > 2:621380/1‑141 (MQ=255) cacaACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTCATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGGCATCtt > 1:256464/1‑141 (MQ=255) cacaACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCtt > 1:388262/1‑141 (MQ=255) acaacaCATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCttt < 1:33357/141‑1 (MQ=255) acaTAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATg > 2:674972/1‑141 (MQ=255) caTAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGAACCAATTTTACCGAGAATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCCTCAATAAATCGTCGTAATTCTTCTCGCATACTGTCACCTTTCAATGc > 2:142832/1‑141 (MQ=255) aaTTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCatat > 2:566782/1‑141 (MQ=255) tAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCt > 1:163451/1‑141 (MQ=255) aaGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTa > 1:679838/1‑141 (MQ=255) gCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATg > 2:615321/1‑141 (MQ=255) aTGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGt > 1:372553/1‑141 (MQ=255) | AACAGATTTACCTCTTGATAAAATAAATAAGCAATCATACTACTTCTCAATTTAGTATAAATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGT > CP000730/2628136‑2628415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |