| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,660 | T→A | 23.4% | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,660 | 0 | T | A | 23.4% | 166.9 / 49.7 | 77 | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/33); new base A (6/12); total (32/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
CGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGA > CP000730/110521‑110796 | cGGTTAAAATGTACAATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATAttt < 2:515156/141‑1 (MQ=255)cGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTATAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATAttt < 1:403990/141‑1 (MQ=255) gTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCa < 1:385691/141‑1 (MQ=255) aaaaTGGTCGATAATAAAAGCATAACAACAAAAGAAATGAAAAATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCatat < 2:572354/141‑1 (MQ=17) 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2:319529/1‑141 (MQ=255) taaagatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGc > 2:482109/14‑141 (MQ=11) aaagatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCt > 2:437547/13‑141 (MQ=11) aagatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTc < 1:698183/130‑1 (MQ=14) agatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 2:201501/131‑1 (MQ=14) aaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc > 2:68584/1‑141 (MQ=255) 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2:508761/141‑1 (MQ=255) agatggAGATATTTCATACAATCCAGAGGTGCCAAGTTATTCAGCAAAATATCAAGT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGATATACCGACGAATAAAGCACCAAAGTTATTGTTGAAAgg > 2:198633/5‑141 (MQ=11) gatggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGt > 2:222764/4‑141 (MQ=255) atggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGtt > 2:565895/3‑141 (MQ=255) cGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTc < 2:248429/141‑1 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAgg < 2:379990/141‑1 (MQ=255) 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CGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATT‑AACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGA > CP000730/110521‑110796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |