| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 119,853 | C→A | 8.7% | G254W (GGG→TGG) | yjbB ← | possible PnaS family phosphate:sodium (Na+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 119,853 | 0 | C | A | 8.7% | 267.7 / 12.0 | 80 | G254W (GGG→TGG) | yjbB | possible PnaS family phosphate:sodium (Na+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/38); new base A (2/5); total (37/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
AATTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGTTTAAGCTAATTA > CP000730/119714‑119990 | aaTTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCg > 2:237429/1‑141 (MQ=255) aTTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGa < 2:508231/141‑1 (MQ=255) aTTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGa < 1:346965/141‑1 (MQ=255) ttGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGAt < 2:517205/141‑1 (MQ=255) 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1:203185/141‑1 (MQ=255) tACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGcgccg > 1:438848/1‑141 (MQ=255) aCCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGcgcagc > 1:26897/1‑141 (MQ=255) aCCATGTGATACTGCAATCGACGAAGAGGGATCGAAGGTCTATAAAGCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGCTTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGcgccga > 2:234329/1‑140 (MQ=255) cATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCAc < 1:389231/141‑1 (MQ=255) tACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGc < 1:758289/141‑1 (MQ=255) 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ccATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGAt > 2:343220/1‑141 (MQ=255) cATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTCCCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATa < 2:595037/141‑1 (MQ=255) cATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATa < 1:454840/141‑1 (MQ=255) aTAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGa > 1:41106/1‑114 (MQ=255) aTAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGa < 2:41106/114‑1 (MQ=255) tAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGc < 2:368431/141‑1 (MQ=255) 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1:668002/1‑141 (MQ=255) tgAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGt < 1:250458/141‑1 (MQ=255) aaGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGc < 2:241393/80‑1 (MQ=255) aaGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGc > 1:241393/1‑80 (MQ=255) tAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGTTTAAGc < 1:320524/141‑1 (MQ=255) tAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGTTTAAGc < 1:23829/141‑1 (MQ=255) ttACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGTTTAAGCTaa < 1:167792/141‑1 (MQ=255) tACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGTTTAAGCTAAt < 1:693972/141‑1 (MQ=255) ccccGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGTTTAAGCTAATTa < 1:429941/141‑1 (MQ=255) | AATTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCGTTTAAGCTAATTA > CP000730/119714‑119990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |