| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 125,664 | G→T | 5.3% | R71I (AGA→ATA) | USA300HOU_0120 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 125,664 | 0 | G | T | 5.3% | 260.9 / 3.0 | 76 | R71I (AGA→ATA) | USA300HOU_0120 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/35); new base T (2/2); total (39/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
ACCTATCCAAAATTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAGTATTAGAAATTTGGCAAA > CP000730/125525‑125804 | aCCTATCCAAAATTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGa < 1:313889/141‑1 (MQ=255) ccTATCCAAAATTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGAt < 2:420530/141‑1 (MQ=255) aTCCAAAATTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACt > 2:254397/1‑141 (MQ=255) tCCAAAATTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTa < 1:147934/141‑1 (MQ=255) aaaTTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGaa > 1:311251/1‑141 (MQ=255) aTTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACg > 2:148238/1‑141 (MQ=255) tACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGAt < 1:562739/141‑1 (MQ=255) tACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGAt > 2:575582/1‑141 (MQ=255) accaaccaAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGAtt < 1:291290/141‑1 (MQ=255) accaaccaAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGAtt < 1:111176/141‑1 (MQ=255) caaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTg < 1:262699/141‑1 (MQ=255) caaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTg > 2:107005/1‑141 (MQ=255) aaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGc > 2:96690/1‑141 (MQ=255) aaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGc > 1:209579/1‑141 (MQ=255) aaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGc > 1:624112/1‑141 (MQ=255) aaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGc > 2:598566/1‑141 (MQ=255) aaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGc > 2:609345/1‑141 (MQ=255) aaccaaAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTGTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGc > 2:394088/1‑141 (MQ=255) cTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTcac < 2:327210/141‑1 (MQ=255) tCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATta < 2:277421/141‑1 (MQ=255) aTTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATtata > 1:723629/1‑141 (MQ=255) taATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCa > 2:121114/1‑141 (MQ=255) aaTTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCAt > 1:285664/1‑141 (MQ=255) tAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATacac > 2:206116/1‑141 (MQ=255) tAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGACAAATGGTCACATTATAATCATacac > 2:392251/1‑141 (MQ=255) aGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATAcacc > 1:479974/1‑141 (MQ=255) gCAGGAGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTATATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATAcacca > 2:589733/1‑141 (MQ=255) gCAGGAGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTATATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATAcacca > 2:589662/1‑141 (MQ=255) cAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATAcaccac > 1:156659/1‑141 (MQ=255) aGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACg > 2:271757/1‑141 (MQ=255) ggggATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGt < 1:527628/141‑1 (MQ=255) ggggATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGt < 2:572836/141‑1 (MQ=255) ggATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGa < 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(MQ=255) tGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTaa < 2:477715/141‑1 (MQ=255) tGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTaa < 2:246637/141‑1 (MQ=255) cTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAat > 2:297844/1‑141 (MQ=255) aTAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAattat < 1:602018/141‑1 (MQ=255) tAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATATCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAattatt > 2:501173/1‑141 (MQ=255) tGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTa < 1:512334/141‑1 (MQ=255) ggTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAg < 1:162887/141‑1 (MQ=255) tgctgcTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCTTTGCATGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTa > 2:638027/1‑141 (MQ=255) ctgctTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACg > 1:67186/1‑141 (MQ=255) ttttGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTATATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTaa < 1:589733/141‑1 (MQ=255) ttttGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTATATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTaa < 1:589662/141‑1 (MQ=255) tttGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTaaa > 2:429797/1‑141 (MQ=255) attGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCTAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAATACGTTaaa > 2:347416/2‑141 (MQ=255) ttAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTag < 1:215844/141‑1 (MQ=255) tAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTaga < 2:723629/141‑1 (MQ=255) aTAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCAATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAgaga > 1:506395/1‑141 (MQ=255) aGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGAtt < 1:708504/141‑1 (MQ=255) cgcATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTAt < 2:171304/141‑1 (MQ=255) cgcATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTAt < 1:107005/141‑1 (MQ=255) gcATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATg > 2:465237/1‑141 (MQ=255) cATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGa < 1:760406/141‑1 (MQ=255) taGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAGATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCtata > 1:448250/1‑141 (MQ=255) gTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATg > 1:639314/1‑141 (MQ=255) tGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGt < 2:25427/141‑1 (MQ=255) gCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCtt < 2:358770/141‑1 (MQ=255) ttATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTca < 2:755321/141‑1 (MQ=255) tatTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAg < 1:271907/141‑1 (MQ=255) ttCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAGTATTa > 1:274262/1‑141 (MQ=255) tgcctttttcatAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAGTATTa < 2:282498/130‑1 (MQ=255) tCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAGTATTAg > 2:524297/1‑141 (MQ=255) ttttttggTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTGACATTATAAGCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATNTTTNANTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTATATCTTCATAGTATTAGaa > 2:741021/7‑141 (MQ=255) ggTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAGTATTAGAAATTTgg < 2:68967/141‑1 (MQ=255) gATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAGTATTAGAAATTTGGCaaa > 1:148020/1‑141 (MQ=255) | ACCTATCCAAAATTACCAACCAAAGTGCCTATTCATTATAATTTAGCAGGGGATGCTGATAATTTTGCTGATAAATGGGTGCTGCTTTTGATTAATAGCGCATTTATAGTGATTTGGCTTATATTTTTCATTGCAGGTAGATACTATGAACGATTTGCCAAATGGTCACATTATAATCATACACCACGTGAAATTCGAGCGATTAAATTATTTTTAAGTACGTTAAATTTAGAGATTATGAGCTATATGTCTATCTTCACAGTATTAGAAATTTGGCAAA > CP000730/125525‑125804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |