Predicted mutation
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RA	CP000730	536,916	T→G	7.0%	intergenic (+109/‑202)	rplY → / → pth	ribosomal protein L25/aminoacyl‑tRNA hydrolase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	536,916	0	T	G	7.0%	222.3 / 8.6	71	intergenic (+109/‑202)	rplY/pth	ribosomal protein L25/aminoacyl‑tRNA hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (34/32);  new base G (2/3);  total (36/35)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01

GCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGAT  >  CP000730/536776‑537048                                                                                                                                             |                                                                                                                                     gCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTttat                                                                                                                                      <  1:64157/141‑1 (MQ=255) 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                                                                                                                        taAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGaata              >  2:397956/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                          aaaGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGaataa             >  2:276197/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                             gCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGa          <  1:324240/141‑1 (MQ=255) 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GCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGAT  >  CP000730/536776‑537048

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑