Predicted mutation
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RA	CP000730	536,921	T→A	6.0%	intergenic (+114/‑197)	rplY → / → pth	ribosomal protein L25/aminoacyl‑tRNA hydrolase

Read alignment evidence...
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*	CP000730	536,921	0	T	A	6.0%	218.5 / 4.5	67	intergenic (+114/‑197)	rplY/pth	ribosomal protein L25/aminoacyl‑tRNA hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (31/32);  new base A (2/2);  total (33/34)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01

GAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGATGGCAATGGCG  >  CP000730/536781‑537058                                                                                                                                             |                                                                                                                                          gaagaCGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACtt                                                                                                                                           <  2:743446/141‑1 (MQ=255) 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                                                    tataCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAAt                                                                                       >  2:96579/1‑141 (MQ=255)                                                     tataCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAAt                                                                                       >  2:726241/1‑141 (MQ=255)                                                      ataCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATg                                                                                      >  1:19879/1‑141 (MQ=255)                                                        aCTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGAt                                                                                    <  2:535072/141‑1 (MQ=255)                                                         cTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATa                                                                                   >  1:429182/1‑141 (MQ=255)                                                           ttGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATAca                                                                                 >  1:557412/1‑141 (MQ=255) 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GAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGATGGCAATGGCG  >  CP000730/536781‑537058

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑