Predicted mutation
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Read alignment evidence...
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*	CP000730	536,922	0	T	A	6.0%	223.2 / 4.6	67	intergenic (+115/‑196)	rplY/pth	ribosomal protein L25/aminoacyl‑tRNA hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (31/32);  new base A (2/2);  total (33/34)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01

AAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGATGGCAATGGCG  >  CP000730/536782‑537058                                                                                                                                             |                                                                                                                                         aagaCGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAACGATTGAGTAAACTTTATTACttt                                                                                                                                          >  1:206238/1‑141 (MQ=255) 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                                                                                                                      gCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGa                    <  1:588230/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                       gCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGa                    <  1:324240/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                           aattaaACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTACTTTTAGTGACTAAAAGGCATTAAACATAACAATGATACATCATACAAATTCTAATGTACTCGACTTCAACATACATACTCACTAAGCTTGAGAATAATGATAAt                >  2:518371/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                           aattaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAAt                >  1:100464/1‑141 (MQ=39)                                                                                                                             ttaaACTTTAGTACAAAGTAATAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTg              >  2:408824/1‑141 (MQ=39)                                                                                                                               aaaCTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGAt            <  2:526450/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                         aCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGATGGCAATGGCg  <  2:643980/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                         AAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTAATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGATGGCAATGGCG  >  CP000730/536782‑537058

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑