| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 622,536 | G→A | 13.3% | S1033S (TCG→TCA) | sdrE → | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 622,536 | 0 | G | A | 13.3% | 180.5 / 5.8 | 77 | S1033S (TCG→TCA) | sdrE | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/40); new base A (9/2); total (34/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.49e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATAGCGA > CP000730/622399‑622676 | gATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAGTCAGACGGCGATTGAGAGTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGTCAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTGGGag > 2:629075/1‑140 (MQ=11) tAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCCGACTCACAAAACGAGTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTc > 1:21629/1‑141 (MQ=14) tAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTc < 1:688562/141‑1 (MQ=255) accGACTCAGATTCAGAGAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCa < 2:243931/139‑1 (MQ=255) aCTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATa < 1:337741/141‑1 (MQ=255) ccagattcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGc < 2:43675/140‑1 (MQ=255) cagattcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCg < 2:458734/141‑1 (MQ=255) cgattcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGa < 1:330344/140‑1 (MQ=255) gattcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGAc < 2:692637/141‑1 (MQ=255) gattcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGAc > 2:529795/1‑141 (MQ=255) attcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACt < 2:384418/141‑1 (MQ=255) ttcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTc < 1:26597/141‑1 (MQ=255) tcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGAATCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGAGATTCAGAGTAAGATAGCGACTCa > 2:317608/1‑141 (MQ=14) cagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGAATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAg < 2:249034/141‑1 (MQ=255) cGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGa < 2:496714/141‑1 (MQ=255) gaatcagactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGAGAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAc < 2:568189/138‑1 (MQ=255) ttCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAg > 1:722187/1‑141 (MQ=255) tgactctgacAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGa < 2:291790/140‑1 (MQ=14) agactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGa < 1:649124/141‑1 (MQ=255) gactcagaaAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATACAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAt < 2:539494/141‑1 (MQ=255) ctcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTc > 2:685302/1‑141 (MQ=11) cagacAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTcgg < 2:105663/141‑3 (MQ=14) agacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGAGACTCAGACTCAGAAAGAGACTCAGATTCAGATAAAGACTCAGa > 2:377132/1‑141 (MQ=11) cAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCCGACTc > 2:676654/1‑141 (MQ=255) cGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGAATCAGACTCAGACAGCGAGTCAGACTCAGATGGAGAGTCAGACTCAGATAGGGCCTCAGACGCAGACGAAGACTCAGACTCGGa > 1:742367/1‑141 (MQ=14) ctcagactcagaCAGCGATTCTGACTCAGACGGCGATTCAGACTCAGAGAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAg < 2:727601/141‑1 (MQ=14) agattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCga < 1:364312/141‑1 (MQ=255) agattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCga < 1:364261/141‑1 (MQ=255) tcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactca > 2:372169/1‑141 (MQ=255) tcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactca > 2:764712/1‑141 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactcagac > 1:390987/1‑141 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCAGAGAGCgactcagac > 2:145557/1‑141 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCgactcagac > 2:110308/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactcagactc < 2:632969/141‑1 (MQ=255) tAGCGATGCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactcagactc < 1:490947/141‑1 (MQ=255) cGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGActcagactcaga < 1:457264/141‑1 (MQ=255) gATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcagactcagac < 1:360143/141‑1 (MQ=255) ttCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCg > 1:82259/1‑89 (MQ=255) ttCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCg < 2:82259/89‑1 (MQ=255) ttCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAg > 2:553953/1‑141 (MQ=255) gattcagcgagtgATTCCGACTCAGCGAGCGACTCCGACTCAGATAGTGACTCAGATTCCGATAGCGATGCCGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCTGACTCAGACAGAGATTCTGAATCAGACAGTgac > 2:690662/13‑140 (MQ=2) atgatttcacgCGATTCAGACTCAGATAGCGGCTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgat < 2:468513/131‑1 (MQ=255) aCTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTTAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgatt > 2:619465/1‑141 (MQ=255) cTCAGCCAGTGATGCCTATTCAGATAGCGCTGTAGATTCAGACAGCGTCACAGATTCAGATAGAGATTCGGACTCAGATAGCGACTGAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattc < 2:607130/141‑1 (MQ=14) gcAGAAAGCGCTTCTGATTCAGATATCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattca < 2:704863/140‑1 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2:358540/1‑141 (MQ=255) ttCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAg > 2:510159/1‑141 (MQ=255) gACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCgac > 2:712998/1‑141 (MQ=255) gACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCgac > 2:737617/1‑141 (MQ=255) aGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCgactcaga > 2:253830/1‑141 (MQ=255) aGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGAGTCGGACTCAGATAGCGACTCAGAATAAGACAGAGACTCAGACTCAGAAAGAGACTCAGACTCAGACAGAGAGTCAGATACAGAAAGCgactcaga > 2:253775/1‑141 (MQ=14) tAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCgactcagactc < 1:345045/141‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGACTCAGACCGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCgactcagactca > 2:359122/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCgactcagactca < 1:224838/141‑1 (MQ=255) gactcagactcaGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGactcagactcagct > 2:702357/1‑139 (MQ=255) tcagactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGc < 1:683661/141‑1 (MQ=255) cagactcagacAGCGACTCAGATTCATATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCg < 1:476789/141‑1 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2:400374/1‑141 (MQ=255) tcagattcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGc > 1:633765/1‑141 (MQ=255) agattcggacAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGa > 1:778322/1‑141 (MQ=11) ttcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTc > 1:490759/1‑141 (MQ=255) ttcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTc > 1:703421/1‑141 (MQ=255) tcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCa < 1:188318/141‑1 (MQ=255) tcacacggCGATGCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGAGTCAGACAGGGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCa < 2:477152/134‑1 (MQ=14) cagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAg < 1:629075/141‑1 (MQ=255) atAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGAct < 2:633765/141‑1 (MQ=255) tAGCGATTCAGATTCAGATAGAGATTCAGATTCAGAGAGCGATTCACATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActc < 2:767293/141‑1 (MQ=14) ggACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATAGCga > 2:98915/1‑141 (MQ=255) | GATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATAGCGA > CP000730/622399‑622676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |