| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 895,932 | G→A | 7.1% | intergenic (+131/+12) | metQ → / ← USA300HOU_0850 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 895,932 | 0 | G | A | 7.1% | 242.9 / 5.2 | 83 | intergenic (+131/+12) | metQ/USA300HOU_0850 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/36); new base A (2/4); total (42/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
CTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAATAGCTTTA > CP000730/895794‑896067 | cTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGAt > 1:45502/1‑141 (MQ=255) aataatACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTg < 1:51324/141‑1 (MQ=255) aataatACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTg < 1:51321/141‑1 (MQ=255) aagaagaCCAATTAAATAAATAGACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGAGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTg < 2:313004/135‑1 (MQ=255) 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1:438997/1‑141 (MQ=255) aTCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATgg > 1:718852/1‑141 (MQ=255) aTCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATgg > 1:382523/1‑141 (MQ=255) tCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGc > 1:584648/1‑141 (MQ=255) cGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGcc > 1:755155/1‑141 (MQ=255) gAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCt < 1:155063/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAAAAGCt > 2:55398/1‑141 (MQ=255) gcGCTCAAATCTGAGCGTATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAATAGCtt > 2:303018/2‑141 (MQ=255) aCGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAACGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAATAGCtt > 2:66144/1‑141 (MQ=255) cGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAATAGCttt > 2:447042/1‑141 (MQ=255) gCTCAAATCTGAGCGTATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAATAGCTTTa > 2:174227/1‑141 (MQ=255) | CTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAATAGCTTTA > CP000730/895794‑896067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |