| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 895,935 | T→C | 8.2% | intergenic (+134/+9) | metQ → / ← USA300HOU_0850 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 895,935 | 0 | T | C | 8.2% | 235.8 / 6.5 | 82 | intergenic (+134/+9) | metQ/USA300HOU_0850 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/37); new base C (3/4); total (41/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTGAGCGCATTATCCAAGTTTTACCTGTTCAAGTTTGTTCATCATATCCTTATCCATCTGTTCAGTAACGTGAGAATAAATGGAAAGTGTTGTACGGTGGTCGGAATGGCCTACACGATCCATAATAGCTTTA > CP000730/895797‑896067 | aataatACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTg < 1:51324/141‑1 (MQ=255)aataatACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTg < 1:51321/141‑1 (MQ=255)aagaagaCCAATTAAATAAATAGACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGAGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGATTTg < 2:313004/135‑1 (MQ=255) aataCCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGTGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATACGCTCAGAGTTGAgc > 1:473216/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |